Oliver's mTOR Atlas

mTOR Atlas MCP 服务

为支持模型上下文协议的 AI 助手提供对 Oliver's mTOR Atlas 的只读访问：按研究类型标注的精选 mTOR 研究、实体（基因、复合物、药物、疾病、过程）、带符号的通路关系及其支持和冲突证据，以及 Atlas 的未解问题。

该服务读取 Atlas 的公开静态 API（https://mtor-atlas.org/api/v1/，文档见 mtor-atlas.org/api）。无需密钥或账户。数据采用 CC BY 4.0 许可。

安装

Claude Desktop、Claude Code、Cursor 和其他 MCP 客户端：

{
  "mcpServers": {
    "mtor-atlas": { "command": "npx", "args": ["-y", "mtor-atlas-mcp"] }
  }
}

Claude Code：claude mcp add mtor-atlas -- npx -y mtor-atlas-mcp

工具

工具	可回答的问题
atlas_about	数据集版本、语料快照、计数、证据代码、引用方式；有争议和相互冲突的关系计数（仅当 Atlas 未报告时才提供 derived_counts）
search_studies	按关键词、证据代码、关联实体、年份搜索研究。也可按 PMID 或 DOI 查找研究、按关联实体的同义词（“sirolimus”）、作者全名（“Claudio De Virgilio”）以及摘要摘录中的词语搜索
get_study	获取一项研究（按 Atlas ID、PMID、DOI 或 PMCID），包括其实体、关系和未解问题
search_authors / get_author	人员：按全名、作者列表形式、ORCID 或实验室搜索有个人资料的作者及其研究；也可搜索作者列表中匹配的姓名，但这些姓名没有个人资料
search_entities / get_entity	基因、药物、疾病等，以及相关研究和关系。每条结果都会说明匹配位置（match_field）；match="name" 会跳过仅在描述中匹配的结果
find_relations / get_relation	通路主张（“Rheb 激活 mTORC1”），包括作用机制、边界条件和置信度
evidence_between	“A 作用于 B 的证据是什么？”同时列出支持和冲突研究
find_contradictions	有争议的主张及其双方证据。支持分页（offset）；status 和 breakdown 说明总数；提供 only_contested、brief
list_questions / get_question	尚待解决的证据缺口和可检验假设。list_questions 可选用 query，支持分页；除非设置 brief=false，否则会缩短 still_open；get_question 提供完整文本

答案长度

默认会精简长文本和重复记录。list_questions 会在句子边界截断 still_open，并设置 still_open_truncated；find_contradictions 和 evidence_between 在答案中首次出现某项研究时会完整发送，之后则以简要卡片形式呈现（sid、标题、证据代码及其标签、url），并附带 full_card_in。传入 brief=false 或 dedupe=false 可获取全部内容。每个列表工具都接受 limit 和 offset；将 next_offset 作为 offset 传入即可获取下一页。

了解证据代码

S 综合人类数据 · H 人类研究 · A 动物模型 · M 分子 / 体外 · R 综述 · PP 预印本 · RT 注册试验。代码描述的是研究类型，而非研究质量。 服务返回的每条记录都会重复说明这一点，因此代码始终附带其含义。

“不在 Atlas 中”表示不在这个精选语料中，并不表示这种关系未知。

引用

Barton O. Oliver's mTOR Atlas. doi:10.5281/zenodo.22059963。 请注明 atlas_about 返回的 dataset_version、corpus_snapshot 和 source_commit。版本号以 +unreleased 结尾表示实时数据在最新存档的 Zenodo 发行版（archived_release）之后发生了更改，因此该发行版的版本 DOI 不包含这些数据。

配置

ATLAS_API_BASE（可选）可将服务指向另一份 API 副本，例如本地 构建：ATLAS_API_BASE=/path/to/dist/api/v1。

代码：MIT。数据：CC BY 4.0。