OpenReadout

Name: OpenReadout
Author: openreadout

本地服务

openreadout.github.io科研与教育8今天更新

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关于 OpenReadout

OpenReadout 面向实验室研究者和 AI Agent，可离线读取与分析多类仪器的原始文件，无需厂商软件。它支持 120 多种格式，并可作为 MCP 服务、命令行工具及 Python 或 R 包使用。

主要功能

01读取 120 多种仪器文件格式
02查看元数据、图像预览与结构化数据
03检查文件截断、缺失平面和损坏
04导出开放格式并回读验证
05分析峰值、板测定、qPCR 与电生理数据
06批量处理目录并监视采集

适用场景

01检查显微镜或质谱仪器原始文件
02将仪器数据转换为 OME-TIFF 或 mzML
03批量分析实验板数据与 qPCR 结果

MCP 相关

内置 MCP 服务通过 JSON-RPC 暴露 28 个工具，可供 MCP 客户端检查、预览、导出和分析仪器文件。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

暂未收录安装方式

我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。

代码仓库

安装包

npmopenreadout0.4.0stdio

cargoopenreadout0.4.0stdio

mcpbopenreadout-mcp-aarch64-apple-darwin.mcpbstdio

mcpbopenreadout-mcp-aarch64-unknown-linux-musl.mcpbstdio

mcpbopenreadout-mcp-x86_64-apple-darwin.mcpbstdio

mcpbopenreadout-mcp-x86_64-pc-windows-msvc.mcpbstdio

mcpbopenreadout-mcp-x86_64-unknown-linux-musl.mcpbstdio

工具

收录的工具列表 · 更新于 1 周前

参数	类型	必填	说明
file	string	是	仪器文件或数据集目录的绝对路径或相对于工作目录的路径。
lloq	number	否	定量下限（覆盖回收率规则）。
plot	boolean	否	同时以图像内容返回包含数据点和拟合曲线的 PNG。
uloq	number	否	定量上限（覆盖回收率规则）。
model	enum	否	曲线模型：`linear`、`4pl`、`5pl`。默认值为 `4pl`。曲线模型。`linear` = y = slope · x + intercept；`4pl` = 四参数逻辑模型：y = d + (a − d) / (1 + (x/c)^b)；`5pl` = 五参数逻辑模型：y = d + (a − d) / (1 + (x/c)^b)^g。linear \| 4pl \| 5pl
fit_on	enum	否	拟合每个标准品重复孔，或拟合各浓度水平的均值。默认值为 `replicates`。标准曲线的拟合对象。`replicates` = 每个标准品孔（将重复孔作为独立点）；`means` = 每个标准品浓度水平的均值。replicates \| means
layout	string	否	板布局文件：CSV/TSV、板位图网格（其区块的角单元格命名字段：role、sample、compound、concentration、dilution），或包含 `well` 列的长表。
reduce	enum	否	动力学读数。在终点分析（wells、curve、dose-response、qc）中，将动力学读数转换为每孔一个值的方式。`first` = 第一个时间点；`last` = 最后一个时间点；`max` = 最大值；`min` = 最小值；`mean` = 所有时间点的均值；`max-slope` = 每分钟跨 `window` 个点的最大斜率；`mean-slope` = 所有时间点的最小二乘斜率（每分钟）；`auc` = 曲线下面积（值 × s）。first \| last \| max \| min \| mean \| max-slope \| mean-slope \| auc
strict	boolean	否	true：拒绝此文件的保证机制无法验证的值（返回 exit_code 6 错误和提示）。默认值：服务端设置（OPENREADOUT_STRICT；关闭）。
window	integer	否	reduce=max-slope 时每个窗口包含的点数。
standards	string	否	标准品，格式为 `WELLS=CONCENTRATION`，各项以 `;` 分隔（`A1,A2=100;B1:B2=50`）；默认使用布局中的设置。
weighting	enum	否	拟合权重。默认值为 `none`。基于观测值的最小二乘拟合权重。`none` = 每个点的权重为 1（普通最小二乘）；`1/y` = w = 1/\|y\|；`1/y2` = w = 1/y²；`1/x` = w = 1/x（x > 0）；`1/x2` = w = 1/x²（x > 0）。none \| 1/y \| 1/y2 \| 1/x \| 1/x2
confidence	number	否	置信区间的置信水平。默认值为 0.95。
blank_wells	string	否	标记为空白的孔（`H1,H2`、`H1:H12`）。
plate_options	any	否	很少需要的板选项。
negative_wells	string	否	标记为阴性对照（无效应／载体）的孔。
positive_wells	string	否	标记为阳性对照（完全效应／最大信号）的孔。

详细介绍

OpenReadout

OpenReadout 让 AI Agent 能够读取和分析显微镜、质谱仪、流式细胞仪、酶标仪和 NMR 等实验室仪器的原始文件。它无需厂商软件即可读取 120 多种格式，并可作为 MCP 服务、命令行工具、Python 包或 R 包运行。

🧪 立即试用： 浏览器演示 | 📖 文档： openreadout.github.io/openreadout

图库

光学显微镜


_{Leica LIF · 果蝇卵室}	_{DeltaVision · HeLa 细胞}	_{Imaris · 植物根切片}

_{Imaris · 单个神经元}	_{Yokogawa CellVoyager · Cell Painting}	_{Evident OIR · 睾丸，共聚焦}

电子显微镜


_{EMDB MRC · 病毒衣壳}	_{Gatan DM3 · 叠层成像原子图}	_{Gatan DM4 · ZnO 纳米棒}

_{Gatan DM4 · 电子衍射}	_{Velox EMD · STEM HAADF}	_{FEI SER · 二氧化硅颗粒}

图示


_{ABI .ab1 · Sanger 读段}	_{WITec · 石墨烯拉曼光谱}	_{MicroCal ITC · 滴定}

_{BD FCS + FlowJo · 圈选的 T 细胞}	_{SoftMax .pda · 96 条生长曲线}	_{Bruker TopSpin · 从 FID 得到的 NMR}

_{Bruker EPR · 功率系列}	_{ABI .fsa · 片段定长}	_{mzML · TIC 和光谱}

_{Axon ABF · 放电与电流的关系}	_{Gamry · 循环伏安图}	_{Applied Biosystems .eds · qPCR}

所有数据均直接从原始文件读取。更多内容请见图库，图片来源见 CREDITS.md。

开始使用

安装后，将其连接到你的 Agent：

brew install openreadout/tap/openreadout    # other ways under Installation below
openreadout mcp --install claude-desktop    # or claude, codex, cursor, vscode, gemini

然后询问你的 Agent 某个文件的内容，例如“cells.czi 里有什么？”在 Claude Code 中，也可以将其作为插件安装（参见AI 集成）。

也可以试试浏览器演示，无需安装。你的文件不会离开你的电脑。

与 Agent 搭配使用

Claude 在 3.7 GB 的切片扫描图中找到小脑，并标注其各层。

https://github.com/user-attachments/assets/7ee0f9fe-e6e0-4378-a46d-5cdc04d57151

数据：Zenodo 10577621（CC BY 4.0）。

Claude 使用来自五种仪器的文件检查基因敲除。

https://github.com/user-attachments/assets/658d300b-dc9d-4164-af84-bb48261fd33f

数据：Edyanto 等人，figshare（CC BY 4.0）。

## 功能

检查图像、通道、迹线、光谱、表格和元数据，支持纯文本或结构化 JSON
验证文件是否被截断、是否缺少平面或结构是否受损；文件损坏时返回退出码 4
导出为 OME-TIFF、OME-Zarr、mzML、NWB、CSV、Parquet、Arrow、JCAMP-DX、Allotrope ASM 和 RDML，并回读每个导出文件进行验证
预览图像平面、迹线、光谱和板热图，并输出为 PNG
分析色谱峰、板测定（IC50、标准曲线）、qPCR（Cq、ΔΔCq）、NMR 峰、膜片钳特征、尖峰和流式细胞术门控，并提供有据可查的方法
批量处理整个目录、为实验室共享目录建立索引，并监视正在运行的数据采集

命令行用法

# Install (macOS / Linux; other ways under Installation)
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/openreadout/openreadout/main/scripts/install.sh | sh

# What is in the file?
openreadout info cells.lif
# → format: Leica LIF (lif) v2  size: 16.0 MiB  images: 1  planes: 2
# →   [0] PEI_laminin_35k  2048x2048 z=1 c=2 t=1  uint16  px=0.3250 µm
# →       objective: HC PL FLUOTAR L 20x/0.40 DRY

# Is it complete?
openreadout check partial-copy.lif
# → error  truncated       block chain runs past end of file
# → error  missing_planes  geometry needs 16777216 bytes but only 8969789 are stored

# Integrate the peaks of a chromatogram
openreadout analyze peaks gc-run.ch --min-height 1
# → 4 peaks, area in pA·min
# → 1   4.852 min  area 0.2779  25.08 %
# → ...

# Structured JSON for scripts and agents
openreadout info cells.lif --json

{
  "ok": true,
  "schema_version": "2",
  "data": {
    "format": { "id": "lif", "name": "Leica LIF", "vendor": "Leica Microsystems" },
    "images": [
      {
        "size_x": 2048, "size_y": 2048, "size_c": 2,
        "pixel_type": "uint16",
        "physical_size": { "x": 0.325, "y": 0.325, "unit": "µm" }
      }
    ]
  }
}

终端会话：openreadout info 描述一个 Leica LIF 文件；check 报告一个被截断的副本不完整，并以退出码 4 退出；export 写入一个经过验证的 OME-TIFF；analyze peaks 列出 GC 色谱图中的四个峰；将 info --json 的输出通过管道传给 jq，打印像素大小。

格式

领域	格式	导出为
光学显微镜	Zeiss CZI、Nikon ND2、Leica LIF、Olympus OIR/VSI/OIB、Imaris、OME-TIFF 及其他 TIFF 变体、OME-Zarr、全切片图像（包括 Philips iSyntax、Hamamatsu VMS 和 MIRAX）	OME-TIFF、OME-Zarr
高内涵筛选	Harmony（Opera Phenix、Operetta）、ImageXpress、CellVoyager	OME-Zarr plate、OME-TIFF
电子显微镜	MRC、Gatan DM3/DM4、FEI SER/EMI、Velox EMD、EER 电影、SerialEM mdoc	OME-TIFF、OME-Zarr、MRC
结构生物学	CBF/miniCBF、SMV、EIGER NeXus（NXmx）衍射图像	MRC、OME-TIFF
医学成像	DICOM（文件、序列、研究、DICOMDIR）、NIfTI、Analyze、Bruker ParaVision	NIfTI、OME-TIFF
质谱	Thermo RAW、Bruker timsTOF 和 BAF、Agilent MassHunter、Waters MassLynx、Sciex WIFF、mzML	mzML、Parquet、Arrow
色谱	Agilent ChemStation 和 OpenLab、Shimadzu、Chromeleon、AIA/ANDI	CSV、JCAMP-DX、Parquet
电生理学	Axon ABF、Intan、SpikeGLX、Open Ephys、Neuralynx、Blackrock、Plexon、HEKA、Spike2、TDT、Axona、NWB	NWB、CSV、Parquet
NMR 和光谱学	Bruker TopSpin 和 OPUS、Varian、JEOL、Thermo OMNIC、Renishaw、JCAMP-DX、SPC	JCAMP-DX、CSV
流式细胞术	FCS、FlowJo 工作区、Gating-ML	CSV、Parquet、Arrow
酶标仪和 qPCR	酶标仪导出文件、RDML、Applied Biosystems、LightCycler、Rotor-Gene	Allotrope ASM、RDML、CSV
DNA 测序和电泳	Illumina 运行文件夹、Oxford Nanopore POD5 和 FAST5、FASTQ、BAM、ABIF Sanger 和片段分析文件、Agilent Bioanalyzer 和 TapeStation	FASTQ、CSV、Parquet
其他	NanoDrop、Qubit、Incucyte、凝胶和印迹成像仪、ÄKTA、ITC、Biacore、Seahorse、Octet、Zetasizer、XRD、EPR、电化学、热分析	CSV、Parquet

格式列表列出了 OpenReadout 可读取的所有格式及其已知限制。

安装

以单个独立二进制文件的形式提供。无需 Java、Python 或厂商 DLL，也无需安装其他组件。

# macOS / Linux
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/openreadout/openreadout/main/scripts/install.sh | sh

# Windows (PowerShell)
irm https://raw.githubusercontent.com/openreadout/openreadout/main/scripts/install.ps1 | iex

# Homebrew (macOS / Linux)
brew install openreadout/tap/openreadout

# npm (all platforms; installs the native binary for your platform as a dependency)
npm install -g openreadout

# Rust toolchain
cargo install openreadout --locked

Docker、Nix、cargo-binstall 和其他安装渠道请见安装页面。

验证安装：openreadout --version

AI 集成

MCP 服务

内置 MCP 服务 — 只需一条命令即可注册：

openreadout mcp --install claude          # Claude Code
openreadout mcp --install claude-desktop  # Claude Desktop
openreadout mcp --install codex           # OpenAI Codex
openreadout mcp --install cursor          # Cursor
openreadout mcp --install vscode          # VS Code / Copilot
openreadout mcp --install gemini          # Gemini CLI

同时支持 Windsurf、Zed、Continue 和 Cline。该服务通过 JSON-RPC 提供 28 个工具（openreadout_info、openreadout_check、openreadout_preview、openreadout_export、openreadout_peaks 等），因此客户端无需访问 shell。

Claude Code 插件

一并安装 MCP 服务和技能：

/plugin marketplace add openreadout/agent-plugins
/plugin install openreadout@openreadout

Gemini CLI 扩展

gemini extensions install https://github.com/openreadout/agent-plugins

Codex 插件

codex plugin marketplace add openreadout/agent-plugins
codex plugin add openreadout@openreadout

这些配置都会添加来自 openreadout/agent-plugins 仓库的技能和 MCP 服务。该服务会运行 PATH 中的 openreadout 二进制文件，因此请先安装。

Agent 技能

openreadout self skill --install claude   # ~/.claude/skills/openreadout
openreadout self skill --install agents   # ~/.agents/skills/openreadout (Codex, Cursor, Copilot, Gemini CLI)

技能源代码位于 skills/openreadout。

为 Agent 而构建

每条命令都提供 JSON 输出，并附有已发布的架构。
固定退出代码： 0 表示正常，1 表示错误，2 表示用法错误，3 表示未知格式，4 表示文件损坏，5 表示 I/O 错误，6 表示不支持。
错误信息附带提示，说明下一步可以尝试什么。
每个结果都提供可靠性信息： 说明此类文件是否经过其他读取器的交叉验证。--strict 会拒绝未经验证的文件。
提供 Agent 可查看的 PNG 预览。
plot 提供图表：板孔网格、剂量反应拟合、门控点图等，支持 PNG、SVG 或 PDF 格式。
快速读取元数据： info 只读取文件头，因此读取 100 GB 文件与读取小文件一样快。
只读且可离线使用。

Python 和 R

Python — pip install openreadout 会将元数据作为字典返回，并将像素作为 NumPy、dask 或 xarray 数组返回，还提供适用于 bioio 和 napari 的插件。请参阅 Python 指南。

import openreadout

with openreadout.File("cells.lif") as f:
    f.images[0]["channels"]     # same keys as `info --json`
    stack = f.to_xarray(0)      # labelled with channel names and µm
    f.preview(composite=True)   # shows itself in Jupyter

openreadout.plot(data={"file": "growth.pda"}, facet="plate").save("plate.pdf")

R — R 包会返回数组和数据框，并生成相同的预览和图表。请参阅 R 指南。

对比

	OpenReadout	Bio-Formats	bioio	czifile / nd2 / liffile	msconvert
开源且免费	✓（MIT / Apache-2.0）	✓（GPL）	✓（因插件而异）	✓（BSD）	✓（厂商 DLL 除外）
面向 AI 的 CLI + JSON + MCP	✓	✗	✗	✗	✗
零安装（单个二进制文件）	✓	✗（JVM）	✗（Python）	✗（Python）	✗
不依赖厂商 DLL	✓	✓	✓	✓	✗
完整性检查	✓	✗	✗	✗	✗
显微成像	✓	✓	✓	✓（每种格式各一个）	✗
质谱	✓	✗	✗	✗	✓
电生理、流式细胞术、核磁共振、色谱、微孔板、qPCR	✓	✗	✗	✗	✗
跨平台	✓	✓	✓	✓	Windows（或 Wine）

验证

每种读取器都会使用公开的仪器文件与其他读取器进行测试。请参阅我们的验证方法。

这些读取器基于公开文件、已发布的规范和宽松许可的读取器编写（已在 NOTICE 中致谢），不使用厂商 SDK 或 DLL。像 Bio-Formats 这样的 GPL 读取器只会在测试中作为黑盒运行。请参阅洁净室政策和各格式的来源记录。

文档

文档提供了每条命令和每种格式的指南：

入门： 安装 | 你的第一个文件 | 阅读 JSON 输出
参考： 命令 | MCP 工具 | 格式
示例库： 来自公开文件的预览和图表
指南： AI Agent | Python | R | 示例方案 | 批量表格
无法正常处理的文件： 运行 openreadout report FILE，并将生成的文件包附加到新格式问题中。文件包不包含数据值、样本名称或路径。

隐私

OpenReadout 在你的计算机上运行，不建立网络连接，也不发送遥测数据。详见 PRIVACY.md。

许可证

你可以选择依据 Apache License 2.0 或 MIT license 获得许可。OpenReadout 与任何仪器供应商均无关联；详见 TRADEMARKS.md。

欢迎通过 GitHub Issues 报告错误并贡献代码。请参阅 CONTRIBUTING.md，在开始处理读取器前阅读洁净室政策。

演示文件和 README 图片来自公开测试语料库（corpus/manifest.toml），使用时遵循相应许可，并在 .github/assets/gallery/CREDITS.md 中列出来源。运行 demo.tape 可重新生成终端演示。

如果你觉得 OpenReadout 有用，请在 GitHub 上为它点星——这有助于其他人发现这个项目。

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从协议是什么，到在客户端里装上第一个服务，这几条回答覆盖了大多数入门问题。

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一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。

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