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BrainKB

BrainKB 是一个先进的知识库平台，旨在通过提供用于搜索、探索和可视化神经科学知识图谱（KG）的工具，助力全球科学家。此外，BrainKB 还提供先进的工具，使科学家能够向平台贡献新信息，确保其成为神经科学研究的首选平台。

BrainKB 是一个知识库平台，为全球科学家提供搜索、探索和可视化以知识图谱（KG）形式表示的神经科学知识的工具。此外，BrainKB 还提供先进的工具，使科学家能够向平台贡献新信息（或知识），确保其成为满足所有神经科学相关研究需求的首选平台。

组织

• 数据导入服务 提供使用 RabbitMQ 进行数据导入和消费的相关服务。目前未使用。
• GraphDB GraphDB 的 Docker Compose 配置。
• JWT 用户与作用域管理器 用于管理 JWT 用户及其 API 端点访问权限的工具包。
• 查询服务 提供从图数据库查询（和更新）知识图谱的功能。
• SPARQL 查询 在 BrainKB 中经过测试或使用的 SPARQL 查询列表。

运行

快速开始

1. 设置环境变量

重要提示：为确保安全，请更改 .env 中的默认密码。

# Copy the environment template
cp env.template .env

# Edit .env with your configuration (make sure to change passwords!)
nano .env  # or use your preferred editor

2. 启动服务

推荐：使用包装脚本（包含 Ollama 设置和 pgAdmin 配置）：

chmod +x start_services.sh
./start_services.sh

3. 访问服务

启动后，可通过以下地址访问服务：

• API Token Manager（Django）：http://localhost:8000/
  • 注册 JWT 用户后，需要使用令牌管理器激活用户。你也可以分配权限。
• Query Service（FastAPI）：http://localhost:8010/
  • 支持查询和导入知识图谱。
  • 在图数据库中原生支持 W3C PROV-O 来源追踪，并进行三元组级别的差异跟踪（每个作业的差异图，以及查询／比较端点）。
  • Spaces：由团队拥有的命名图私有／公开容器——可将数据设为仅成员可见，或公开发布（允许匿名读取）。每个端点均设有 JWT 作用域（read／write／admin）；采用基于角色的授权（参见 query_service/RBAC_MODEL.md）。支持 SSO（RS256／JWKS）和旧版 HS256 令牌。
  • 搜索：混合式全文搜索——Postgres 定位索引（支持工作区和可见性）用于查找主题，数据则从 Oxigraph 获取。结果会按访问权限筛选（匿名用户只能看到公开内容）。
  • 详情请参阅 query_service/README.md、query_service/PROVENANCE_MODEL.md 和 query_service/SPACES_MODEL.md。
• ML Service（FastAPI）：http://localhost:8007/
  • 集成 StructSense（多 Agent NER + 结构化资源提取）。
  • 在 /api/synth-scholar/* 提供 SynthScholar——由 PRISMA 指导的文献综述工作流（搜索 → 筛选 → 批判性评估 → 综合，并通过 SSE 流式传输进度，支持导出 Markdown／JSON／RDF）。使用统一的 brainkb Postgres 数据库。可选 API 密钥（OpenRouter、NCBI、Semantic Scholar、CORE）请参阅 env.template。
• Oxigraph SPARQL：http://localhost:7878/（受密码保护的图数据库）
• pgAdmin：http://localhost:5051/
• 用户管理服务（FastAPI）：http://localhost:8004
  • 规范的身份服务：用户个人资料、角色／RBAC 和 OAuth 登录（Globus／ORCID／GitHub）。每位用户只有一个规范身份；凭证记录关联到个人资料（身份统一）。
  • 单点登录签发方（RS256 + JWKS）：一次登录即可签发刷新令牌，再以此换取作用域受限的各服务访问令牌（aud=<service>），各服务通过 /.well-known/jwks.json 验证令牌。某个服务的令牌不能重用于其他服务。旧版各服务独立的 HS256 令牌仍可使用。
  • 管理员可以激活用户并分配角色／群组。请参阅 query_service/AUTH_UNIFICATION.md 和 usermanagement_service/README.md。

身份验证

BrainKB 正在迁移到单点登录模式——usermanagement 是唯一的令牌签发方，各服务通过 JWKS 验证受众作用域为 RS256 的令牌；迁移期间仍接受旧版各服务独立的 HS256 令牌。Web 登录会同时返回访问令牌和刷新令牌，以便 UI 静默续期（USERMANAGEMENT_WEB_SESSION_TTL_MIN／USERMANAGEMENT_WEB_REFRESH_TTL_MIN）。完整设计、阶段和部署环境变量请参阅 query_service/AUTH_UNIFICATION.md。

**请注意：**访问 Query Service 和 ML Service 的基础 URL 时不会显示任何内容。要确认服务是否正在运行，请分别打开它们的 API 文档：http://localhost:8010/docs 和 http://localhost:8007/docs。

故障排查

如果遇到 Docker 挂载错误或文件共享问题，请参阅 LOCAL_DEPLOYMENT.md 中的故障排查部分。

文档

如需了解 BrainKB 的更多信息，包括其设计依据、部署说明和经验总结，请参阅以下 BrainKB 文档。

• https://sensein.group/brainkbdocs/

联系方式

• Tek Raj Chhetri [email protected]

许可证

本项目采用 Apache License 2.0 许可。

版权所有 © 2024–至今 Senseable Intelligence Group

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