STRING Database MCP Server

官方 STRING Database MCP 服务

将 STRING database 功能作为 Model Context Protocol (MCP) 服务提供。

此实现使 AI Agent 和其他兼容 MCP 的客户端能够通过结构化且自描述的接口访问 STRING 数据。

该服务基于 STRING API 构建，但专为基于模型的使用场景进行了调整，着重于简洁性和上下文效率。服务会控制数据的数量和类型，使响应保持在大模型的推理限制范围内。它还会调整结构并添加元数据，以支持 Agent 系统更一致地解析和解读数据。

该服务也可通过 https://mcp.string-db.org 作为托管的远程 MCP 端点使用。

如需实时演示 MCP 功能，请参阅 STRING Chat。

如需可复现的工作流和大规模集成，请使用 STRING API。

如需 Agent 工作流，请使用可选的 Agent 技能：skills/string-database/SKILL.md。

功能

• 将蛋白质标识符解析为 STRING 元数据
• 检索相互作用网络
• 对相互作用网络进行聚类和可视化
• 跨物种进行同源性查询
• 访问蛋白质–蛋白质相互作用的证据链接
• 运行功能富集分析（包括富集图）
• 获取蛋白质的整理后功能注释
• 按功能或疾病查询蛋白质（GO、KEGG、Reactome、DISEASES 等）

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要求

• Python ≥ 3.11（使用 Python 3.10 时，可选参数描述在工具架构中的位置不正确）
• 依赖项（参见 requirements.txt）：
  • fastmcp==2.14.7
  • mcp==1.29.0
  • httpx>=0.28,<0.29
  • pydantic>=2.11,<3.0

**注意：**如果服务在启动时崩溃，很可能是由于 FastMCP 版本不兼容。

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配置

服务从 config/server.config（JSON）读取设置。示例：

{
  "base_url": "https://string-db.org",
  "server_port": 57416,
  "verbosity": "low"
}

安装

git clone https://github.com/meringlab/string-mcp.git
cd string-mcp
pip install -r requirements.txt

运行

python server.py

如需通过标准输入/输出而非 HTTP 提供服务，例如由本地 MCP 客户端自行启动服务时：

python server.py --stdio

stdio 模式也会从 config/server.config 读取 STRING API 端点。

测试

curl -v -H "Accept: text/event-stream" http://localhost:[port]/mcp

你应该会看到 200 OK 响应，其 content-type 为 text/event-stream。

**注意：**使用默认标头发送的 HTTP 请求会触发 anyio.ClosedResourceError 和 406 Not Acceptable。这是 MCP 流式协议的预期行为，并不表示存在问题。

Docker

1. 确保你有 config/server.config 文件（如有需要，可从 config/server.config.example 复制）：

   cp config/server.config.example config/server.config
   

2. 构建镜像：

   docker build -t string-mcp .
   

3. 运行容器：

   Linux/macOS：

   docker run -p 57416:57416 -v $(pwd)/config:/app/config:ro string-mcp
   

   Windows PowerShell：

   docker run -p 57416:57416 -v ${PWD}/config:/app/config:ro string-mcp
   

   Windows 命令提示符：

   docker run -p 57416:57416 -v %cd%/config:/app/config:ro string-mcp
   

   如需在分离模式下运行：

   # Linux/macOS
   docker run -d -p 57416:57416 -v $(pwd)/config:/app/config:ro --name string-mcp-server string-mcp
   
   # Windows PowerShell
   docker run -d -p 57416:57416 -v ${PWD}/config:/app/config:ro --name string-mcp-server string-mcp
   

   -v 标志会挂载本地配置目录，因此你无需重新构建镜像即可自定义设置。

   **注意：**如果无需修改配置，可以省略卷挂载，容器将使用镜像中的默认配置。

4. 停止容器（如果正在分离模式下运行）：

   docker stop string-mcp-server
   docker rm string-mcp-server
   

**注意：**Docker 容器将使用 config/server.config 中的配置。如果此文件不存在，容器会在首次运行时从 server.config.example 复制配置。

冻结版 STRING 发布版本可通过带版本号的路径访问：/12.0/（STRING v12.0）和 /12.5/（STRING v12.5）。

许可证 / 引用

STRING MCP 服务源代码采用 MIT License 发布。
相关数据和输出采用 CC BY 4.0 License 发布。
您可以自由使用、分享和修改代码，但需注明出处。

如果您在工作中使用了这些代码或数据，也请引用最新的 STRING manuscript。