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🧠 OSDR MCP Server + Agents

🧠 OSDR MCP Server + Agents

本地服务
github.com/alwalt科研与教育080 周前更新
代码仓库

关于 🧠 OSDR MCP Server + Agents

这个仓库提供 MCP 服务和 Agent 示例，用于获取、分析并总结 NASA 开放科学数据存储库（OSDR）的数据。内容包括自定义 OSDR 工具，以及从简短摘要到多 Agent RNA 分析和报告生成的工作流。

主要功能

  1. 01获取 OSDR 数据集元数据
  2. 02按生物体筛选研究
  3. 03下载 RNA 计数数据
  4. 04生成柱状图和 Markdown 报告
  5. 05配置 LLM 后端和 MCP 连接

适用场景

  1. 01获取 OSDR 数据集的元数据
  2. 02查找与特定生物体相关的研究
  3. 03分析 RNA 计数并生成报告

MCP 相关

自定义 MCP 服务提供 OSDR 元数据和数据工作流工具，并包含其他 RNA 分析工具。示例 Agent 还连接官方的 fetch 和 filesystem MCP 服务。

配置

本地服务的配置在各客户端中通用，复制后粘贴到客户端的 MCP 配置文件即可。

暂未收录安装方式

我们还没有获取到这个服务的安装包或远程地址，请按项目 README 中的说明安装。

代码仓库

工具

还没有获取到工具列表

本地服务需要在你的电脑上运行后才能读取工具，维护者暂未提供工具列表。

详细介绍

🧠 OSDR MCP 服务 + Agents

此仓库演示了如何将 MCP Agent 与自定义工具集成，以便与 NASA 的 Open Science Data Repository（OSDR）交互。它包含可运行的 Agent 工作流示例，展示如何使用 Model Context Protocol（MCP）获取、分析和总结生物数据。

📦 内容概览

osdr_mcp/

提供用于与 OSDR 数据交互的工具的自定义 MCP 服务：

  • osdr_fetch_metadata：获取指定 OSDR 数据集的元数据
  • osdr_find_by_organism：按生物体筛选研究
  • 其他工具（例如 RNA 分析）位于 osdr_viz_tools 中
first_example/

使用两个官方 MCP 服务的简单 Agent：

  • mcp-server-fetch（无头浏览器）
  • mcp-server-filesystem

此 Agent 会收集信息并生成适合发推的简短摘要。

second_example/

与 first_example 类似，但会连接到在 osdr_mcp/main_simple.py 中定义的自定义 MCP 服务。演示如何接入 OSDR 元数据获取器等领域专用工具。

third_example/

完整的多 Agent 工作流：

  1. 获取 Agent – 获取 OSD 研究元数据
  2. 定量分析 Agent – 下载 RNA 计数数据并创建条形图
  3. 摘要撰写 Agent – 生成总结分析结果的 Markdown 报告

使用的自定义 MCP 服务：

  • osdr_data_fetch
  • osdr_viz_tools

⚙️ 配置

cp_agent.config.yaml 文件用于控制：

  • 大模型后端（例如 Ollama、OpenAI）
  • MCP 服务连接
  • 工具可用性
  • 系统提示词 / 元数据

🚀 快速开始

  1. 克隆此仓库
  2. 安装依赖项： 
    pip install -r requirements.txt
  3. 运行示例： 
    python first_example/main.py

或直接启动 MCP 服务：

python osdr_mcp/main_simple.py

🧩 集成说明

此架构旨在实现灵活性。你可以在文档问答、RAG 搜索或自定义分析工具之间切换。面向用户的集成适合采用模式切换或 UI 开关。通过 MCP 支持基于 Milvus 的 RAG 已列入路线图。

📚 资源

评论

支持 Markdown

第一次接触 MCP？

从协议是什么，到在客户端里装上第一个服务，这几条回答覆盖了大多数入门问题。

一个开放协议，规定了 AI 应用如何以统一方式连接外部工具与数据源。客户端负责与模型对话，MCP 服务负责提供工具、资源和提示模板，两者通过标准消息通信，同一个服务可以被不同客户端复用。