PatSnap Biology Modality

Patsnap Biology Modality

Patsnap Biology Modality 是一个模型上下文协议（MCP）服务，为 AI Agent 提供对生物序列数据、修饰记录以及抗体-抗原相互作用的直接结构化访问。它支持序列相似性搜索、翻译后修饰查询，以及在 Patsnap 覆盖全球超过 200M+ 条记录的专利和文献库中发现抗体。

快捷链接

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• Patsnap Biology Modality MCP

设置

1. 获取 API 密钥

登录 Patsnap Developer Platform，前往 API Keys 并创建一个新密钥（格式：sk-xxxxxxxxxxxx）。

2. 连接 MCP 服务

在终端中运行以下命令（需要 Claude Code 或任何兼容 MCP 的客户端）：

claude mcp add --transport http biology_modality \
  "https://connect.patsnap.com/06e741/logic-mcp?apikey=$PATSNAP_API_KEY"

将 API 密钥设为环境变量：

export PATSNAP_API_KEY=your-key-here

其他客户端？ 请访问 Patsnap Marketplace 上的 Biology Modality 页面，并在右下角选择你的 Agent（Cursor、API 等），以获取相应的配置代码片段。

3. 验证

在 Claude Code 中输入 /mcp，确认 biology_modality 显示为 Connected。

可用工具

致 AI Agent 的说明： 序列和修饰搜索采用异步任务模型：提交任务、轮询任务完成状态，然后获取结果。ls_antibody_antigen_search 会同步返回结果。以下每个工具均列出了其在 Patsnap Marketplace 官方页面中显示的确切参数、类型和限制。

1. ls_sequence_search_submit

• 用途：针对 Patsnap 的专利和文献序列数据库，提交生物序列搜索任务（蛋白质或核苷酸）。
• 参数：
  • query_type（字符串，必需）：要匹配的目标序列类型。可选值为 "NUCLEOTIDE"、"PROTEIN"。
  • sequence（字符串，必需）：单条查询序列字符串。
  • sequence_type（字符串，必需）：所提供查询序列的类型。可选值为 "NUCLEOTIDE"、"PROTEIN"。
  • database（字符串数组，可选）：目标数据库列表。支持的值：["ALLPATENT"]、["CLAIMS"] 或两者均选 ["ALLPATENT", "CLAIMS"]。
  • perc_identity（对象，可选）：一致性筛选条件。格式：{"start": <int>, "end": <int>}（范围 0-100）。
  • qcov_hsp_perc（对象，可选）：查询覆盖率筛选条件。格式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • scov_hsp_perc（对象，可选）：主题序列覆盖率筛选条件。格式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • evalue（数字，可选）：比对显著性的期望阈值。
  • subject_length（对象，可选）：主题序列长度筛选条件。格式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • q_perc_identity（对象，可选）：查询序列一致性筛选条件。格式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • s_perc_identity（对象，可选）：主题序列一致性筛选条件。格式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • with_gaps（布尔值，可选）：序列比对是否包含缺口。
  • limit（整数，可选）：后端任务内部返回的最大结果数。
• 返回值：包含 job_id（字符串）、status（字符串）、submitted_at（字符串，ISO 时间戳）的 JSON 对象。
• API：POST /api/Ls/sequence/job
• 用法：用于发起相似性搜索。之后，使用返回的 job_id 轮询 ls_sequence_search_check_status，直至 status 为 "success"，然后使用 ls_sequence_search_get_results 获取结果。

2. ls_sequence_search_check_status

• 用途：检查先前提交的序列或修饰搜索任务的当前状态。
• 参数：
  • job_id（string，必填）：从 ls_sequence_search_submit 或 ls_modification_search_submit 获取的后端搜索任务 ID。
• 返回：JSON 对象，包含 job_id（string）、status（枚举值："pending"、"running"、"success"、"failed"）、progress（整数，0-100），以及失败时可能包含的 message（string）。
• API：GET /api/Ls/sequence/job/status
• 用法：轮询此端点，直到 status 变为 "success"，再调用 ls_sequence_search_get_results。当状态仍为 "running" 或 "pending" 时，避免调用结果工具。

3. ls_sequence_search_get_results

• 用途：获取已完成的序列或修饰搜索任务的最终结果。
• 参数：
  • job_id（string，必填）：后端搜索任务 ID。
  • offset（integer，可选）：分页结果偏移量，从 0 开始。
  • limit（integer，可选）：下游查询的页面大小（要返回的行数）。
  • sort_field（string，可选）：排序字段。
  • order（string，可选）：排序顺序，支持 "DESC" 或 "ASC"。
  • perc_identity（object，可选）：结果的序列一致性过滤条件，格式为 {"start": <number>, "end": <number>}。
  • qcov_hsp_perc（object，可选）：查询覆盖率过滤条件，格式相同。
  • scov_hsp_perc（object，可选）：目标覆盖率过滤条件，格式相同。
  • q_perc_identity（object，可选）：查询序列一致性过滤条件，格式相同。
  • s_perc_identity（object，可选）：目标序列一致性过滤条件，格式相同。
• 返回：JSON 对象，包含 job_id、total_hits（整数）和 results（匹配记录数组，字段包括 patent_id、seq_id、identity、alignment、organism、annotation 等）。
• API：GET /api/Ls/sequence/job/result
• 用法：仅在任务状态为 "success" 后调用。使用 offset 和 limit 进行分页。

4. ls_modification_search_submit

• 用途：提交生物序列搜索任务，并按翻译后修饰条件筛选；也可选择结合查询序列。
• 参数：
  • sequence_type（string，必填）：序列类型，支持 "NUCLEOTIDE" 或 "PROTEIN"。
  • database（字符串数组，必填）：目标数据库列表，例如 ["ALLPATENT"]、["CLAIMS"] 或两者。
  • modification_location（对象数组，必填）：修饰过滤条件列表。每个对象支持以下键：location、modification_name、operation、match_type。（具体架构请参阅 Marketplace。）
  • sequence（string，可选）：可选的查询序列字符串，用于缩小比对范围。
  • subject_length（object，可选）：目标序列长度过滤条件，格式为 {"start": <int>, "end": <int>}。
  • limit（integer，可选）：后端任务返回的最大结果数。
• 返回：JSON 对象，包含 job_id（string）、status（string）、submitted_at（string）。
• API：POST /api/Ls/modification/job
• 用法：用于针对 PTM 的搜索。遵循相同的提交、检查状态、获取结果工作流。轮询 ls_sequence_search_check_status，然后使用 ls_sequence_search_get_results 获取结果。

5. ls_antibody_antigen_search

• 用途：同步搜索与目标抗原相关的抗体，并可选择应用分面筛选条件。
• 参数：
  • target_name（字符串，必填）：抗原目标名称（精确查找或关键词查找）。
  • filter（对象，可选）：分面筛选条件。支持的字段：target_name、source、antigen_species、antibody_name。
  • offset（整数，可选）：分页偏移量，从 0 开始。
  • limit（整数，可选）：下游查询的每页结果数。
• 返回值：包含 total_hits（整数）和 results（抗体记录数组）的 JSON 对象。每条抗体记录包含 antibody_name、antigen、source、antibody_type、patent_id、binding_affinity、sequences。
• API：GET /api/Ls/antibody-antigen/search
• 用法：用于抗体发现或现有技术检索。此工具会直接返回结果，无需轮询；它是同步的。

💡 需要帮助？

访问：Patsnap Life Science 或 Patsnap Dev Portal

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与 Patsnap Skills 集成

此服务为以下 Patsnap Skills（Claude Code Agent）提供生物序列和抗体发现能力：

• target-intelligence：使用序列搜索，查找涵盖与治疗靶点相关生物序列的专利。
• pharmaceuticals-exploration：使用抗体-抗原搜索，发现基于抗体的疗法。

每个 Skill 在进行分析时都会自动调用此服务提供的相应工具。你可以从 Patsnap Skills Library 安装这些 Skills。 或者，如果你使用 openclaw：

openclaw skills install SKILL_NAME

许可证

Apache License 2.0（参见 ../../LICENSE）

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由 Patsnap 提供支持。自信创新。