PatSnap Chemical Molecular

Patsnap Chemical Molecular

Patsnap Chemical Molecular 是一款模型上下文协议（MCP）服务，为 AI Agent 提供化学智能能力，涵盖化合物结构搜索、片段分析和 ADMET 属性预测。它基于 Patsnap 全球生命科学平台构建，可加快药物发现早期阶段的分子评估和先导化合物优化。

快速链接

• Patsnap 生命科学主页
• Patsnap 开发者门户
• Patsnap Chemical Molecular MCP

设置

1. 获取 API 密钥

登录 Patsnap 开发者平台，前往 API Keys，并创建一个新密钥（格式：sk-xxxxxxxxxxxx）。

2. 连接 MCP 服务

在终端中运行以下命令（需要 Claude Code 或任何兼容 MCP 的客户端）：

claude mcp add --transport http chemical_molecular \
  "https://connect.patsnap.com/713886/logic-mcp?apikey=$PATSNAP_API_KEY"

将 API 密钥设置为环境变量：

export PATSNAP_API_KEY=sk-your-key-here

使用其他客户端？ 请访问 Patsnap Marketplace 上的 Chemical Molecular 页面，并在右下角选择你的 Agent（Cursor、API 等），以获取相应的配置代码片段。

3. 验证

在 Claude Code 中输入 /mcp，并确认 chemical_molecular 显示 Connected。

可用工具

AI Agent 注意： 下方各工具的说明列出了其确切参数、类型和限制，与 Patsnap Marketplace 官方信息一致。请特别留意必填参数和可选参数的区别。

1. ls_chemical_search

• 用途：按化学结构搜索化合物，支持在 Patsnap 化学数据库中进行精确匹配和相似性搜索。
• 参数：
  • smiles（string，必填）：SMILES 格式的查询结构。示例："CC(=O)OC1=C(C=CC=C1)C(O)=O"。
  • type（string，必填）：搜索类型："EXT" 表示精确匹配，"SIM" 表示相似性搜索。
  • threshold（number，可选）：相似度阈值；当 type 为 "SIM" 时必填。示例：0.99。
  • include_tautomer（boolean，可选）：是否在结果中包含互变异构体。
  • include_isotope（boolean，可选）：是否包含同位素变体。
  • include_charge（boolean，可选）：是否包含电荷变体。
  • include_stereo（boolean，可选）：是否包含立体异构体。
  • include_radical（boolean，可选）：是否包含自由基变体。
  • include_multi_component（boolean，可选）：是否包含多组分化合物。仅适用于 "EXT" 类型。
  • offset（integer，可选）：分页偏移量，从 0 开始。
  • limit（integer，可选）：每页大小。示例：20。
• 返回值：JSON 对象，包含 total_hits（integer）和 results（数组，含 SMILES、标识符和匹配详情的化合物记录）。
• API：POST /api/ls/chemical/search
• 用法：使用 "EXT" 在数据库中查找精确匹配的化合物。使用 "SIM" 和 threshold 查找结构相似的分子，用于先导化合物跳跃或 SAR 研究。

2. ls_chemical_mcs_analyze

• 用途：分析多个化学结构中的片段组成，识别共有骨架和片段分布频率。
• 参数：
  • structures（字符串数组，必填）：要分析的 SMILES 结构列表。至少包含一个有效的 SMILES 字符串。示例：["CCO", "CC(C)O", "c1ccccc1"]。
• 返回值：JSON 对象，包含片段分析结果，以及识别出的共有子结构及其在输入集合中的出现频率。
• API：POST /api/ls/chemical/mcs/analyze
• 用法：比较一组活性化合物，以识别保守的药效团或反复出现的结构基序。

3. ls_admet_predict

• 用途：使用 ADMET-AI 模型预测一批小分子的 ADMET（吸收、分布、代谢、排泄、毒性）性质。
• 参数：
  • smiles（字符串数组，必填）：SMILES 分子式字符串列表。每次请求最少 1 个、最多 100 个分子。示例：["CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O"]。
• 返回：包含每个输入分子预测结果的 JSON 对象，包括吸收、分布、代谢、排泄和毒性性质评分。
• API：POST /api/ls/admet/predict
• 用法：用于药物早期成药性评估、筛选虚拟筛选命中分子，或在合成前确定候选分子的优先级。

💡 需要帮助？

访问：Patsnap Life Science 或 Patsnap Dev Portal

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与 Patsnap Skills 集成

此服务为以下 Patsnap Skills（Claude Code Agent）提供化学智能层：

• pharmaceuticals-exploration：使用化学结构搜索和 ADMET 预测来评估候选药物并探索分子性质。

每个 Skill 在执行分析时都会自动调用此服务中适当的工具。你可以从 Patsnap Skills Library 安装这些 Skills。 或者，如果你使用 openclaw：

openclaw skills install SKILL_NAME

许可证

Apache License 2.0（参见 ../../LICENSE）

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由 Patsnap 提供支持。自信创新。