Pdb Mcp Server

PDB MCP 服务

一个模型上下文协议（MCP）服务，可访问蛋白质数据库（PDB）——这是一个全球性数据库，收录了蛋白质、核酸和复合组装体的 3D 结构信息。

功能

工具

• search_structures：按关键词、蛋白质名称或 PDB ID 搜索 PDB 数据库中的蛋白质结构
• get_structure_info：获取指定 PDB 结构的详细信息
• download_structure：下载多种格式（PDB、mmCIF、mmTF、XML）的结构坐标
• search_by_uniprot：查找与 UniProt 登录号关联的 PDB 结构
• get_structure_quality：获取结构质量指标和验证数据

资源

• pdb://structure/{pdb_id}：PDB ID 对应的完整结构信息
• pdb://coordinates/{pdb_id}：PDB 格式的结构坐标
• pdb://mmcif/{pdb_id}：mmCIF 格式的结构数据
• pdb://validation/{pdb_id}：结构验证数据和质量指标
• pdb://ligands/{pdb_id}：配体和结合位点信息
• pdb://search/{query}：与查询匹配的结构搜索结果

安装

npm install
npm run build

使用方法

使用 Claude Desktop

添加到你的 claude_desktop_config.json：

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

示例查询

1. 搜索胰岛素结构：

   Use the search_structures tool to find insulin protein structures
   

2. 获取特定结构的信息：

   Get detailed information about PDB structure 1ABC using get_structure_info
   

3. 下载结构坐标：

   Download the PDB file for structure 1ABC using download_structure
   

4. 查找 UniProt 蛋白对应的结构：

   Find PDB structures for UniProt accession P01308 using search_by_uniprot
   

5. 检查结构质量：

   Get validation metrics for PDB structure 1ABC using get_structure_quality
   

6. 直接访问资源：

   Show me the resource pdb://structure/1abc
   

API 集成

本服务集成了以下接口：

• RCSB PDB REST API（https://data.rcsb.org/）：用于获取结构元数据和信息
• RCSB PDB Search API（https://search.rcsb.org/）：用于高级搜索
• RCSB PDB 文件下载（https://files.rcsb.org/）：用于下载结构文件

结构数据格式

• PDB：原始蛋白质数据库格式
• mmCIF：大分子晶体学信息文件（较新的标准）
• mmTF：大分子传输格式（二进制、压缩）
• XML：可扩展标记语言格式

质量指标

本服务提供多种结构质量指标：

• 分辨率（用于 X 射线晶体学）
• R-work 和 R-free 值
• Ramachandran 图统计数据
• 原子碰撞评分
• 旋转异构体异常值
• 模型验证评分

配套服务

本 PDB 服务与以下服务配合良好：

• UniProt MCP 服务：用于获取蛋白质序列和功能信息
• AlphaFold MCP 服务：用于获取预测的蛋白质结构

结合使用可全面访问蛋白质结构和功能数据。

错误处理

本服务可稳健处理以下错误：

• 无效的 PDB ID
• 网络连接问题
• API 速率限制
• 缺失结构文件
• 格式错误的请求

开发

# Install dependencies
npm install

# Build the server
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

署名

本项目由 Augmented Nature 开发 🌐 网站：augmentednature.ai

引用

如果你在研究或出版物中使用本项目，请按以下格式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {Protein Data Bank (PDB) MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}