Allen Brain

@pipeworx/allen-brain

来自 Allen Institute 公共 Brain Atlas RMA API 的基因、脑结构本体和原位杂交表达实验——了解基因在脑内的表达位置，以及表达注释所依据的规范区域层级结构。

这是 Pipeworx 的一部分——一个将 AI Agent 连接到 1872+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一项独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

• allen_search_genes(acronym?, name_contains?, entrez_id?, organism?, num_rows?, start_row?) — 基因符号／名称／Entrez ID → Allen 内部基因 ID 和生物体。
• allen_structures(acronym?, name_contains?, structure_id?, graph_id?, num_rows?, start_row?) — 脑区名称或缩写 → 结构 ID、父级，以及用于确定包含关系的从根到叶的 structure_id_path。
• allen_expression_datasets(gene_acronym, plane_of_section?, product_id?, include_failed?, num_rows?, start_row?) — 某个基因的 ISH 实验（SectionDataSets）：图谱产品、切片平面、切片厚度，以及 Allen 图表背后的数据集 ID。

身份验证

无需密钥。

数据源

• https://api.brain-map.org/api/v2/data/query.json — RMA 查询端点； 此处的每个工具都是针对该端点的一个 RMA 表达式（model::Gene、 model::Structure、model::SectionDataSet）。

注意事项

不同物种的基因缩写区分大小写，这是数据本身的事实，而非格式问题。 Gabra1 是小鼠基因，GABRA1 是人类基因；它们是不同的记录，关联的实验数量也不同（截至撰写本文时，分别为 14 个和 94 个 SectionDataSet）。使用错误的大小写进行精确匹配查询会返回一个空数组。两个基因工具都会重试不区分大小写的查询，并设置 casing_note 说明这一点，而不是默默返回零条结果。

过度筛选 SectionDataSet 查询会导致结果悄然为空。 对没有 Mouse-Brain-ISH 系列的基因添加 products[id$eq1]，会返回 total_rows: 0 和 success: true——这不是错误。此处的产品和切片平面筛选条件都是可选的；当筛选后的查询结果为空时，该工具包会重新运行未筛选的查询并报告未筛选的总数，因此零条结果表示“你的筛选条件排除了所有内容”，而不是“该基因没有表达数据”。

对整个 criteria 值进行编码。 RMA 条件包含 [, ], $ 和 '。对整个表达式使用 encodeURIComponent 有效；在浏览器中直接使用原始方括号也有效，但命令行和某些 HTTP 客户端会吞掉它们，从而产生一个看起来像 API 故障的空结果。（这正是该工具包首次探测失败的原因。）

success: true 且 msg: [] 是“无结果行”的正常形式。 查询被拒绝时，返回的是 success: false，并在 msg 中提供错误信息——该工具包会对此抛出异常，因此两种情况不会混淆。

结构图谱因物种而异。 graph_id 1 对应成年小鼠，10 对应人类，17 对应发育中的小鼠。人类区域不属于小鼠图谱；默认值为 1，空结果会说明搜索的是哪个图谱。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "allen-brain": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/allen-brain/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

tools/list 在 https://gateway.pipeworx.io/allen-brain/mcp 返回上表中的工具，以及共享的 Pipeworx 元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，还有其余网关级工具集。因此，你看到的工具数量会多于表格所列：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自身的工具，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天最权威的答案。

这是有意为之，并非意外复用。元工具可以让限定范围的连接回答此工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由——而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些工具的工具包端点；如果额外的架构信息占用的上下文超过了路由功能带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者，连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1872+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪一个，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/allen_search_genes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"acronym":"Gabra1"}'

首次调用无需账号。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/allen_search_genes。查找工具：POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs，请求体为 {"query":"..."}。

独立运行（无需网关账号）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账号，也无需往返网关：

{
  "mcpServers": {
    "allen-brain": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-allen-brain"]
    }
  }
}

或者直接运行它，确认服务能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-allen-brain

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，且仅提供此工具包的工具——不包含上述网关连接所添加的任何共享元工具。数据来源相同、工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由功能。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具——此功能既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Allen Brain data" })

网关会选择合适的工具并自动填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT