Alphafold

@pipeworx/alphafold

EBI AlphaFold Protein Structure Database MCP — 为约 214 M 条序列预测的 3-D 蛋白质结构。无需密钥。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1872+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

• prediction(qualifier) — 完整的预测元数据和文件 URL（PDB、CIF、PAE）
• summary(qualifier) — 简短的结构摘要
• annotations(qualifier, type?) — 序列级注释（低 pLDDT 区域等）
• uniprot(uniprot_id) — 与 prediction 相同，但需明确提供 UniProt 登录号

qualifier 是 UniProt 登录号（例如 P00533）。

数据源

https://alphafold.ebi.ac.uk/api/

快速入门

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "alphafold": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/alphafold/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/alphafold/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和其余整个网关通用的工具集。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了自身工具包的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，这是了解当日情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让受限连接能够回答此工具包未涵盖的问题 — 通过 ask_pipeworx，在整个目录中进行路由 — 无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文多于路由带来的价值，请只连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

你也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1872+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具包的工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/alphafold_prediction \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"qualifier":"P00533"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/alphafold_prediction。查找工具：向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求，并附上 {"query":"..."}。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "alphafold": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-alphafold"]
    }
  }
}

也可以直接运行以确认其成功启动：

npx -y @pipeworx/mcp-alphafold

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 协议，并仅对此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call — 不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，但不支持 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具 — 此方式既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Alphafold data" })

网关会选择合适的工具并自动填充参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT