Bindingdb

@pipeworx/bindingdb

BindingDB 测得的蛋白质/小分子结合亲和力——Ki、Kd、 IC50 和 EC50 值，单位为 nM；每条数据均整理自已发表的论文，并附有对应的 PubMed ID。

属于 Pipeworx——一个将 AI agents 接入 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未经其认可，也未由其发布。

工具

• bindingdb_ligands_by_uniprot(uniprot, cutoff?, limit?) — BindingDB 针对 UniProt 靶标测得的所有配体，按效力排序。可回答 “哪些化合物能与该蛋白质结合，结合力有多强”。
• bindingdb_targets_by_smiles(smiles, similarity?, limit?) — 测得某种化合物 （或结构相似化合物）所作用的蛋白质靶标，并附物种信息。可回答化合物-靶标及脱靶相关问题。
• bindingdb_by_pdb(pdb, limit?) — 与 PDB 结构条目关联的配体亲和力， 将已解析的共晶结构与已发表的效力数据关联起来。

身份验证

无需密钥。无需注册，无需请求头。

数据源

• https://bindingdb.org/rest/getLigandsByUniprots — uniprot=（以逗号分隔的 登录号）、cutoff=（以 nM 为单位的亲和力）、response=application/json。
• https://bindingdb.org/rest/getTargetByCompound — smiles=、cutoff= （Tanimoto 相似度 0-1，并非 nM）。
• https://bindingdb.org/rest/getLigandsByPDBs — pdb=（单个 4 字符 ID）。

以下细节不清楚的话，可能会让你白白花上一个下午：

• 基础路径是 /rest/，不是 /rwd/bind/rest/。 后者出现在较早的 文档中，Tomcat 会返回带有 HTML 正文的 404。/axis2/services/BDBService/... 也已失效。
• JSON 封装键与端点名称不一致。 三个端点的响应都位于 getLindsByUniprotsResponse / getLindsByUniprotResponse / getLindsByPDBsResponse 下——注意其中的 “Linds” 是拼写错误，但属于接口约定。 化合物端点还会给每个字段加上 bdb. 前缀。
• 如果 getLigandsByPDBs 没有某个 PDB ID 的数据，它会返回 HTTP 500，并在正文中包含 SQL 错误——2RH1 和 1ZZ1 都会如此，3EML 则能正常工作。 这实际上是缺少数据的信号，却伪装成服务器错误；此工具包会明确说明这一点， 而不会让它看起来像服务中断。
• 响应大小会随 cutoff 大幅增长。 P24941 在 cutoff 为 1 时返回 387 KB，在 10 时为 1.1 MB，在 100 时为 2.2 MB；P00533 在 100 时为 5 MB。此处的默认值为 10。
• 亲和力 "0.000" 表示未报告，不代表效力无限大。 值以字符串形式返回，且可能带有比较符号（<1、>10000、" 348000"），因此此工具包会将它们拆分为 affinity_nm + qualifier，并将零值设为 null，而不会把它们排在首位。
• getLigandsByUniprots 会返回相关靶标的记录，以及与你请求的登录号完全匹配的记录——每条记录中的 query 字段会标明该测量实际针对的靶标。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "bindingdb": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/bindingdb/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/bindingdb/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关级工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于表中所列：单个工具包端点目前会列出约 30 个共享工具，以及该工具包自身的工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是了解特定日期实际范围的权威依据。

这是有意为之，并非意外复用了多个端点。元工具可以让限定范围的连接回答此工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 在整个目录中路由——无需再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不带这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文超过路由功能带来的价值，请只连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者，连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别是哪个工具包的工具会被直接列出；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bindingdb_ligands_by_uniprot \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"uniprot":"P24941","cutoff":1,"limit":3}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bindingdb_ligands_by_uniprot。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关：

{
  "mcpServers": {
    "bindingdb": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-bindingdb"]
    }
  }
}

或者直接运行，确认它可以启动：

npx -y @pipeworx/mcp-bindingdb

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并为仅属于此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包括上方的网关连接所添加的任何共享元工具。相同的源代码，相同的工具，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上方的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Bindingdb data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT