Biomodels

@pipeworx/biomodels

BioModels（EMBL-EBI）——用于存储经过整理、可执行的生物系统数学模型的公共仓库（支持 SBML、CellML、BioPAX 等），可按通路、疾病、生物体、基因或作者搜索，并提供模型文件本身以及每个模型所依据的论文。

属于 Pipeworx——一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立、非官方的集成——未与上游提供方关联，未获其认可，也非由其发布。

工具

• biomodels_search(query, limit?, offset?) — 按通路、过程、疾病、生物体、基因或作者查找已发表的模型，并提供按整理状态、建模方法和交叉引用本体术语分类的计数。
• biomodels_model(model_id) — 获取单个条目的完整信息：SBML notes、整理状态、建模方法（含对应的 MAMO 术语）、来源出版物、贡献者和版本历史。
• biomodels_files(model_id) — 获取所有附件及其 MIME 类型、大小、MD5/SHA-256 和直接下载 URL：主要 SBML 文件，以及自动生成的 BioPAX、Octave/MATLAB、VCML 和 SciLab 转换文件。

身份验证

无需密钥。无需注册。

数据源

• https://www.biomodels.org/search?query=&format=json — 带分面筛选的模型搜索。
• https://www.biomodels.org/{modelId}?format=json — 单个模型的元数据。
• https://www.biomodels.org/model/files/{modelId}?format=json — 文件列表。
• https://www.biomodels.org/model/download/{modelId}?filename= — 文件内容。

与 biostudies 并非同一服务

BioStudies 是 EMBL-EBI 用于存储支持某篇出版物的数据的通用仓库（涵盖任何检测、任何格式）；BioModels 则专门存储可执行模型。二者均不能用于搜索对方的内容，且 BioModels ID（BIOMD…、MODEL…）并非 BioStudies 登录号（S-…）。

重新发现这些问题会浪费时间（测量日期：2026-09-17）

• 所有旧文档中的主机地址都会重定向。 https://www.ebi.ac.uk/biomodels/… 会返回 301，重定向到 biomodels.org，后者又会重定向到 www.biomodels.org。 此程序包直接调用最终主机，避免依赖两次跳转都完整保留查询字符串。
• 必须指定 format=json——否则会收到状态码为 200 的 HTML。
• numResults 的下限为 10，且不会向下取整。 请求 2 或 3 条会返回 10 行；请求 25 条会返回 25 行。若调用方信任该参数，就会把 10 条结果报告为“前 3 条”。此程序包会自行截断列表，并始终至少请求下限数量，以确保 offset 分页保持对齐。
• offset 按行计算且有效——分页时使用 offset += limit。
• facetStats 是一个包含 JSON 的 JSON 字符串，而不是对象。
• modellingApproach 是一个对象（包含 {accession, name, resource}，对应一个 MAMO 术语），而非普通字符串；当 publication.type 标明为 "PubMed ID" 时，publication.accession 就是 PubMed ID。
• 模型的 description 是 SBML <notes> XHTML 块，并非普通文本。
• 搜索延迟波动很大——在一分钟内，对同一查询的测量结果分别为 0.6 秒、5.5 秒和超过 25 秒，因此默认 25 秒的请求时限会把正常运行的服务报告为宕机。搜索路径使用 45 秒时限；按 ID 查询的端点响应时间不到一秒。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "biomodels": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/biomodels/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/biomodels/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个套件端点会列出大约 30 个共享工具，以及该套件自有的工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是判断当天实际情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让限定范围的连接也能回答此套件未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由——而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不带这些元工具的套件端点；如果额外的架构定义占用的上下文比路由功能带来的价值更多，请连接一次完整网关，而不是连接多个套件端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个套件的工具，而不只是当前套件的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和同一批 1875+ 个数据源。唯一的区别是哪些套件的工具会被直接列出；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/biomodels_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"glycolysis","limit":3}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/biomodels_search。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "biomodels": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-biomodels"]
    }
  }
}

或者直接运行，确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-biomodels

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并且对 initialize/tools/list/tools/call 的响应仅包含此套件的工具——不包含上方网关连接所添加的共享元工具。相同的源代码和工具，但没有 ask_pipeworx 路由功能。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上方的套件端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Biomodels data" })

网关会选择合适的工具并自动填充参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT