Bioportal

@pipeworx/bioportal

在 NCBO BioPortal 收录的约 1,300 种生物医学本体中搜索术语、查找类并进行跨本体映射，包括 NCIT、SNOMEDCT、LOINC、RXNORM、MESH、HPO、ICD10CM、GO 等。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也不是由其发布。

工具

• bioportal_search(query, ontologies?, exact_match?, require_definitions?, limit?) — 将自由文本转换为编码概念，并返回首选标签、同义词、定义、CUI 和永久类 IRI。
• bioportal_ontologies(filter?, limit?) — 本体目录，让你在搜索前查找缩写。
• bioportal_class(ontology, class_id) — 单个类的完整记录。
• bioportal_mappings(ontology, class_id, to_ontology?, limit?) — 其他本体中的 等价概念，以及映射方法。

身份验证

BioPortal 要求每个请求都携带 apikey。此工具包中的解析顺序如下：

1. 调用方提供的 _apiKey（免费密钥，https://bioportal.bioontology.org/accounts/new），
2. 否则使用 NCBO 在其 REST 文档中发布的演示密钥，该密钥由所有用户共享，并受相应的速率限制。

每个响应都包含 key_source，以便调用方查看使用了哪个密钥。

配置平台密钥时（PLATFORM_BIOPORTAL_KEY），只需一行更改：在 workers/gateway/src/pack-manifest.json 中此工具包对应的条目添加 "platformKeyEnv": "PLATFORM_BIOPORTAL_KEY"，然后重新运行 node scripts/sync-pack-manifest.mjs。网关随后会将其注入为 _apiKey， 并且不再使用演示密钥回退方案。目前特意没有声明此项：网关中的 keyBlockedTools() 会将声明了未设置的 platformKeyEnv 的工具包中的每个工具标记为密钥受阻，这会导致目前对所有人都可用的工具包无法使用。

数据源

• https://data.bioontology.org/search — q、ontologies、exact_match、 require_definitions、pagesize。
• https://data.bioontology.org/ontologies — 本体目录。
• <https://data.bioontology.org/ontologies/{acronym}/classes/{URL-encoded IRI}> 及其 /mappings 子路径。

以下细节可能会让你白白花上一个下午：

• **display_links=false 会让 /ontologies 的响应大小从 4.4 MB 降至 312 KB。**在此处使用它。
• 但不要在 /search 上设置它：搜索结果中的本体缩写只能从 links.ontology 推导得出。其 @id 是一个 purl (http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D008545)，其路径段并不总是缩写。
• 类 IRI 必须作为单个路径段进行 URL 编码 — 包括 # 和 /，例如： /ontologies/NCIT/classes/http%3A%2F%2Fncicb.nci.nih.gov%2Fxml%2Fowl%2FEVS%2FThesaurus.owl%23C3224。
• 映射记录会在 classes 中列出两端，包括你查询的类。请选择本体不是源本体的一端，否则每个映射看起来都会像是自映射。
• **并非每个概念都能映射到大型术语体系。**NCIT 中的“Melanoma”（C3224）有 114 个映射，但没有一个映射到 SNOMEDCT — 目标本体包括 CADSR-VS、RH-MESH、MESH、MEDDRA、LOINC 以及许多其他本体。to_ontology 筛选结果为空是有效结果，并非失败。

范围说明，避免重复构建

ols 工具包涵盖 EBI 的 Ontology Lookup Service — 这是一个不同的仓库，收录了另一组偏向 OBO 的本体。BioPortal 收录的是美国临床术语体系。cbioportal 与癌症基因组学有关，尽管名称相似，但两者并无关联。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "bioportal": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/bioportal/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

tools/list 在 https://gateway.pipeworx.io/bioportal/mcp 返回上表中的工具，以及共享的 Pipeworx 元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：单个工具包端点目前会列出约 30 个共享工具，以及该工具包自己的工具。连接的 initialize 响应会说明确切范围，是当天最权威的答案。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可让范围受限的连接回答此工具包无法涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由——无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构占用的上下文比路由带来的价值更大，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别在于哪些工具包的工具会被直接列出；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bioportal_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"melanoma","ontologies":"NCIT,DOID","limit":3}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bioportal_search。查找工具包：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "bioportal": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-bioportal"]
    }
  }
}

或者直接运行以确认它能启动：

npx -y @pipeworx/mcp-bioportal

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并仅针对此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接所添加的任何共享元工具。使用相同的源代码和工具，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以不用直接调用工具，而是用通俗英语提问——在上述工具包端点和完整网关上都可以使用：

ask_pipeworx({ question: "your question about Bioportal data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT