Bioregistry

@pipeworx/bioregistry

Bioregistry MCP——生物医学标识符前缀的元注册表（包含来自 UniProt、ChEBI、HPO、MONDO、RxNorm 等的约 1500 个前缀）。无需密钥。

这是 Pipeworx 的一部分——一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

• prefix(prefix) — 前缀元数据（URL 模板、提供方、许可证）
• search(query, limit?) — 在前缀中进行子字符串搜索
• resolve(curie) — 将 CURIE（例如 chebi:24867）解析为提供方 URL
• prefixes(limit?, offset?) — 对所有前缀进行分页

数据源

https://bioregistry.io/api/

快速开始

将其添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "bioregistry": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/bioregistry/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/bioregistry/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享的元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表所列：目前，单个工具包端点除了工具包自身的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天最权威的信息。

这是有意设计的，并非意外的多路复用。这些元工具可让受限连接通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由，从而回答此工具包无法处理的问题，而无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义消耗的上下文多于路由带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；ask_pipeworx 可从任一端点访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/prefix \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"prefix":"chebi"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/prefix。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需往返网关：

{
  "mcpServers": {
    "bioregistry": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-bioregistry"]
    }
  }
}

或者直接运行，以确认服务能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-bioregistry

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 协议，并为仅此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具——这在上面的工具包端点和完整网关上都适用：

ask_pipeworx({ question: "your question about Bioregistry data" })

网关会选择合适的工具并自动填充参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT