Biosamples

mcp-biosamples

EBI BioSamples MCP。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未经其认可，也未由其发布。

工具

工具	描述
search_samples	搜索 EBI BioSamples — EBI 存档中引用的生物样本（细胞系、组织、生物体）的元数据。按生物体、组织或关键词进行全文搜索；返回匹配样本的登录号、名称、生物体和发布日期。无需密钥。
get_sample	根据登录号获取单条 EBI BioSamples 记录。返回样本名称、日期、taxId、生物体，以及其特征的扁平化映射（生物体、组织、性别、细胞类型等）。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "biosamples": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/biosamples/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/biosamples/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关级别的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自身的工具，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天适用范围的权威说明。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可让受限范围的连接回答此工具包无法处理的问题 — 通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由 — 而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义带来的上下文成本超过了路由的价值，请只连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接获取所有工具包列出的工具，而不仅是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_samples \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"liver"}'

首次调用无需账号。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_samples。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送请求。

独立运行（无需网关账号）

此包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账号，也无需往返网关：

{
  "mcpServers": {
    "biosamples": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-biosamples"]
    }
  }
}

或者直接运行，确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-biosamples

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并针对仅此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call — 不包含上述网关连接额外提供的共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用日常语言提问，而不直接调用工具 — 此方式既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Biosamples data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT