Biostudies

mcp-biostudies

EBI BioStudies MCP。

Pipeworx 的一部分 — 一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成 — 与上游提供方无关联、未获其认可，也非其发布。

工具

工具	描述
search_studies	搜索 EBI BioStudies — 一个无需密钥的数据库，收录生物学研究描述，并链接到 EBI 的各个档案库（ArrayExpress、PRIDE 等）。按关键词查找研究，并获取登录号、标题、作者、类型、发布日期以及链接和文件数量。
get_study	根据登录号获取单个 EBI BioStudies 研究的元数据（例如："S-EPMC6010251"）。返回标题、扁平化属性（摘要、发布日期、数据来源等），以及链接和子章节的数量。EBI BioStudies 会链接到 EBI 的各个档案库。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "biostudies": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/biostudies/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/biostudies/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了自身工具包的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是某一天适用范围的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可以让范围受限的连接回答此工具包未涵盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由 — 而无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构信息消耗的上下文超过了路由功能的价值，请连接完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到相同的网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别在于直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都可以访问所有工具包。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/biostudies_search_studies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"crispr gene editing"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/biostudies_search_studies。查找工具包：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "biostudies": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-biostudies"]
    }
  }
}

或者直接运行以确认它可以启动：

npx -y @pipeworx/mcp-biostudies

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，但只提供此工具包的工具 — 不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗语言提问，而不是直接调用工具 — 这既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Biostudies data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT