Bold Systems

@pipeworx/bold-systems

来自 BOLD Systems（Barcode of Life Data System，圭尔夫大学生物多样性基因组学中心）的全球 DNA 条形码参考库——包括带有采集地、机构和分类信息的标本凭证、COI/rbcL/matK 条形码序列，以及 BIN 物种代理聚类。

属于 Pipeworx——一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联，也未获得其认可或发布。

工具

• bold_specimens(taxon?, country?, bin?, institution?, query?, limit?, offset?) — 标本记录： 流程 ID、完整分类信息、BIN、采集日期、带坐标的采集地、收藏机构、标记基因和 GenBank 登录号。筛选条件之间采用 AND 关系。
• bold_sequences(taxon?, country?, bin?, institution?, marker?, query?, limit?, offset?) — 条形码序列， 包含引物、碱基数、INSDC 登录号和可直接粘贴的 FASTA 块。
• bold_taxonomy(name, rank?) — 根据 BOLD 自有索引解析名称：谱系、该名称上方各级的记录/物种/BIN 数量、通俗易懂的描述，以及附有数量的其他匹配项。

身份验证

无需密钥。

数据源

• https://portal.boldsystems.org/api/terms — 术语索引；将普通名称解析为查询三元组。
• https://portal.boldsystems.org/api/query — 将三元组查询转换为 query_id。
• https://portal.boldsystems.org/api/documents/{query_id} — 记录，nuc 序列内嵌其中。
• https://portal.boldsystems.org/api/taxonomy/{description,hierarchy} — 谱系、数量和文本说明。
• Swagger：https://portal.boldsystems.org/api/docs（规范文件位于 https://portal.boldsystems.org/openapi.json，而不是 /api/ 下）。

陷阱

v4 API 已失效。 v4.boldsystems.org/index.php/API_Public/{specimen,sequence,combined}——所有教程和大多数 R 包仍指向这里——返回的是「BOLD Public Offline」HTML 页面，而不是 JSON，因此简单的客户端会报告解析错误，而不会提示服务已退役。这里的所有内容都使用 v5 门户 API。

查询语言采用 scope:field:value 三元组，无法根据值推断 scope/field 对。 Canada 对应 geo:country/ocean，Danaus 对应 tax:genus，BOLD:AAA9566 对应 bin:uri，Smithsonian Institution 对应 inst:name。自由文本会返回 400 错误 {"detail":"Invalid triplet token"}。此工具包会先通过 /api/terms 解析每个类型化参数，将普通名称转换为可匹配的查询，从而避免 400 错误或悄然返回零结果。

/api/counts 报告的是各项计数的总和，而不是交集的大小。 对于 tax:species:Danaus plexippus;geo:country/ocean:Canada，它会报告 2,520,553 条记录；实际匹配集只有 7 条。这是一个干净的 200 响应，却携带了相差五个数量级的错误数字，而简单的集成会直接引用这个数字。此工具包不会使用它——matchingRecords 来自文档查询的 recordsTotal，这才是真实计数。（以分号分隔的三元组在 /documents 上执行 AND 查询，但在 /counts 上会被相加。）

/api/query/preprocessor 遇到多词字符串时会退回到 ID 字段匹配。 输入 "Danaus plexippus Canada" 会返回 ids:processid:...;ids:sampleid:...;ids:insdcacs:...——这是一个无法匹配任何内容、也不会报错的查询。请分别解析每个筛选条件，这正是 resolveTriplet 的做法。

BOLD 中保存着从未测序的标本记录。 bold_sequences 会筛选出具有 nuc 字段的记录，并在结果为空时于 note 中说明这一点，因此可以区分「该分类单元没有条形码」和「该分类单元没有记录」。

标记筛选是在返回的页面上应用的，而非在上游应用（BOLD 的术语索引中没有 COI-5P 条目）。设置标记后，此工具包会将获取量扩大 5 倍，并报告扫描页面中实际出现的标记，因此即使结果为空，也会列出你原本可以查询的标记。

identifier_email 会在数据离开此工具包前被删除——它是个人的联系地址，不是标本数据。采集者和鉴定者的姓名会保留：它们是博物馆凭证上的公开署名，会出现在每条生物多样性记录中。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "bold-systems": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/bold-systems/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/bold-systems/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表中的数量：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自身的工具，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明确切范围，并且是当日有效范围的权威依据。

这是有意为之，并非意外复用连接。元工具让范围受限的连接也能回答本工具包未涵盖的问题——通过可路由整个目录的 ask_pipeworx——无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些元工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构信息占用的上下文比路由功能带来的价值更大，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，以直接列出所有工具包的工具，而不仅仅是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；无论连接哪个 URL，ask_pipeworx 都能访问全部工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bold_specimens \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"taxon":"Danaus plexippus","country":"Canada","limit":3}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bold_specimens。查找工具：POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs，并使用 {"query":"..."}。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行，无需 Pipeworx 账户，也无需通过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "bold-systems": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-bold-systems"]
    }
  }
}

或者直接运行，确认它可以启动：

npx -y @pipeworx/mcp-bold-systems

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，仅提供此软件包的工具——不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。相同的源代码、相同的工具，不使用 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗易懂的英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上面的软件包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Bold Systems data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT