Catnap

@pipeworx/catnap

HIV-1 广谱中和抗体效力（LANL CATNAP：跨抗体-病毒面板的 IC50/IC80/ID50），以及 HIV T 细胞表位和抗体结合位点记录（LANL HIV 分子免疫学数据库）。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非其发布。

工具

• catnap_search_neutralization(antibody?, virus?, limit?) — 抗体-病毒中和测量值（IC50/IC80/ID50），用于比较抗体在不同病毒株中的效力。删失界限（>150、<.05）以 censored: true 和 numeric_value: null 返回，不会被强制转换为数字。
• catnap_antibody_info(name, limit?) — 抗体元数据：表位/结合区域、结构（PDB）、分离论文、面板汇总统计信息。
• immunology_search(table, mab_name?, epitope?, protein_name?, limit?) — T 细胞表位（CTL/CD8+ 或 T-helper/CD4+）或抗体结合位点，实时查询 LANL 自有 API。

身份验证

无需密钥。catnap_search_neutralization 和 catnap_antibody_info 返回每月从 LANL 的 CATNAP 批量文件导入的中和/抗体数据（凭据由网关注入）。immunology_search 每次调用都会直接访问 LANL 的公共 JSON API — 无需导入数据。

数据源

• https://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/neutralization/index.html（CATNAP）— 抗体-病毒中和面板（IC50/IC80/ID50），由 LANL 根据已发表论文汇编。每月提供制表符分隔的批量文件（assay_*.txt、abs_*.txt、viruses_*.txt），文件名包含每次发布的日期 — 数据导入程序会从下载页面抓取当前链接，而非硬编码日期。由 workers/data-pipeline/src/datasets/catnap.ts 按月导入至 catnap_neutralization、catnap_antibodies、catnap_viruses（参见 supabase/migrations/170_catnap_neutralization.sql）。
• https://www.hiv.lanl.gov/mojo/immunology/api/v2（HIV 分子免疫学数据库 JSON API）— CTL/CD8+、T-helper/CD4+ 和抗体表位/结合位点记录。无需密钥，实时查询，不导入数据。

需要注意的事项

• 删失值绝不会被强制转换。 源数据中的 IC50/IC80/ID50 有时是界限（>150 = 测试浓度达到最高值时仍未中和；<.05 = 测试浓度处于最低值时已完全中和），而非点估计。每条测量值都包含 _raw（原始字符串）、_value（数值，删失时为 null）和 _censor（'<'/'>'，否则为 null）。将 >50 存储为 50 会颠倒效力排名。
• 每个数值都附带检测背景信息。 不同论文中的 IC50/IC80 使用不同的实验方案和病毒储备液 — 工具始终返回 reference/pubmed_id，绝不会仅因两个数值都标为“IC50”就暗示它们可跨研究比较。
• 这个工具包包含两类不同的问题。 catnap_search_neutralization/catnap_antibody_info 回答“这种抗体的效力如何”（CATNAP）；immunology_search 回答“这种免疫应答针对病毒的哪个位置，以及由哪种 HLA 限制”（免疫学数据库）— 后者来自另一个上游数据库，拥有独立的记录 ID。

刷新路径

workers/data-pipeline/src/datasets/catnap.ts，在 workers/data-pipeline/src/datasets/index.ts 中注册，schedule: 'monthly'。每次运行都会重新获取并解析全部三个 CATNAP 批量文件（中和文件约有 20 万行 / 约 16MB，使用游标跨多次调用分块写入）；不会删除过期记录 — CATNAP 会持续累积测量值，而不会撤回它们。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "catnap": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/catnap/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/catnap/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于表格中的数量：目前，单个工具包端点除了列出自身工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威说明。

这是有意设计的，并非意外的多路复用。元工具让范围受限的连接也能回答本工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 路由至整个目录——无需添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些元工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构定义消耗的上下文超过了路由带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/catnap_search_neutralization \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"antibody":"10-1074","virus":"CNE8"}'

首次调用无需账号。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/catnap_search_neutralization。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账号）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账号，也无需往返网关：

{
  "mcpServers": {
    "catnap": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-catnap"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-catnap

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 协议，并为仅限此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。使用相同的源代码和工具，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Catnap data" })

网关会选择合适的工具并自动填充参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT