Cbioportal

mcp-cbioportal

cBioPortal MCP — 癌症基因组学门户。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也并非由其发布。

工具

工具	描述
search_studies	按关键词搜索 cBioPortal 中的公开癌症基因组学研究（TCGA、CPTAC、MSK 等）。匹配研究名称、研究 ID 或癌症类型 ID（不区分大小写）。返回研究 ID、名称、癌症类型和样本数量。无需密钥，数据开放。
get_study	根据研究 ID 获取一项 cBioPortal 癌症研究的完整详情（例如 "brca_tcga_pub"、"glioma_mskcc_2019"），包括描述、癌症类型、样本数量、PMID 和引用信息。
get_gene	通过 cBioPortal 将基因解析为 Entrez 基因 ID，并获取规范信息。接受 HUGO 符号（例如 "TP53"、"BRCA1"）或 Entrez 基因 ID。返回 entrez_gene_id、symbol 和 type。
list_cancer_types	列出 cBioPortal 中定义的癌症类型（ID、显示名称、上级类型）。适用于解析研究使用的癌症类型 ID。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "cbioportal": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/cbioportal/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/cbioportal/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，还有网关级工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自身的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天有效范围的权威信息。

这是刻意如此，并非意外的多路复用。元工具可以让受限范围的连接回答本工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 在整个目录中进行路由——而不必添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些工具的工具包端点；如果额外的模式定义占用的上下文超过路由功能带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者，连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别在于直接列出哪个工具包的工具；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/cbioportal_search_studies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"breast"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/cbioportal_search_studies。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关：

{
  "mcpServers": {
    "cbioportal": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-cbioportal"]
    }
  }
}

也可以直接运行它，确认服务可以启动：

npx -y @pipeworx/mcp-cbioportal

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 协议，并对 initialize/tools/list/tools/call 作出响应，仅提供此工具包的工具——不包含上文网关连接额外提供的共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具——完整网关和上文的工具包端点都支持此功能：

ask_pipeworx({ question: "your question about Cbioportal data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT