Chembl

@pipeworx/chembl

ChEMBL MCP——EBI 提供的药物发现数据库：生物活性分子、药物靶点、作用机制、临床阶段。无需密钥。

属于 Pipeworx——连接 AI Agent 与 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

• search(query, type?, limit?) — 搜索分子／靶点／实验／文档
• molecule(chembl_id) — 完整分子记录
• target(chembl_id) — 靶点（蛋白质）记录
• mechanism(chembl_id) — 指定确切分子 ID 的原始机制行
• chembl_mechanism(drug | molecule_chembl_id, candidates?, limit?) — 根据药物名称查询作用机制。 在一次机制查询中搜索名称匹配的所有分子形式（基础形式 + 盐），因此即使药物的药理信息记录在盐形式上，也能找到结果—— 例如，二甲双胍的两种机制记录在 CHEMBL1703（盐酸二甲双胍）上，而名称最佳匹配项 CHEMBL1431（二甲双胍）没有相关记录。返回作用类型、机制文本、 指定靶点和物种、记录各机制时所用的分子形式，以及 PubMed 参考文献。
• activities(molecule_chembl_id?, target_chembl_id?, limit?) — 活性记录
• drug_indications(molecule_chembl_id?, mesh_id?, limit?) — 疾病适应症

数据源

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/chembl/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/chembl/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 通用元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关级的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前， 单个工具包端点除工具包自身的工具外，还会列出约 30 个通用工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威说明。

这是有意如此，并非意外地进行了多路复用。元工具使范围受限的连接也能回答此工具包未覆盖的问题——通过 ask_pipeworx 在整个目录中进行路由——无需再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不带这些工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文比路由功能带来的价值更大， 请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不仅是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪一个，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/chembl_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"aspirin"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/chembl_search。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-chembl"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认它能正常启动：

npx -y @pipeworx/mcp-chembl

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并为此工具包自身的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接添加的通用元工具。数据源相同、工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由功能。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Chembl data" })

网关会自动选择合适的工具并填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT