Civic

@pipeworx/civic

由专家筛选的 CIViC 癌症变异临床解读——哪些体细胞改变具有临床可操作性、对应哪些疾病和疗法，以及每项结论背后经过分级的已发表证据。

属于 Pipeworx——将 AI agents 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非其发布。

工具

• civic_search_genes(query, limit?) — 按名称搜索癌症基因和融合基因，并返回变异 / 证据 / 断言数量以及 CIViC feature id。
• civic_gene_variants(gene, variant_name?, limit?) — 查看基因的精选变异及其相关疾病和疗法。
• civic_variant_evidence(molecular_profile | variant_id, evidence_type?, disease?, therapy?, limit?) — 查看单条证据，包括类型、A-E 级别、方向、显著性、1-5 星评级以及 PubMed/ASCO 来源。
• civic_assertions(molecular_profile? | disease? | therapy?, limit?) — 查看按 AMP/ASCO/CAP 分级的汇总，包括 FDA 伴随诊断和监管批准标记、ACMG 代码及 NCCN 指南。

认证

无需密钥。公共 GraphQL 端点；CIViC 的内容采用 CC0 许可。

数据源

• https://civicdb.org/api/graphql — POST，{query, variables}。

以下问题可能会让你白白花上一下午：

• 显式设为 null 的变量会充当筛选条件，而非表示没有筛选条件——且返回 HTTP 200。 实测于 2026-09-17：evidenceItems(molecularProfileName: "BRAF V600E") 报告 249 条匹配；添加 variantId: null 后报告 0 条，diseaseName: null 报告 245 条，therapyName: null 报告 313 条。未设置的筛选条件必须完全从 variables 映射中省略。src/index.ts 中的 omitNulls() 正是为此而存在；移除它会导致结果悄无声息地变为零。
• browseVariants.totalCount 和 browseFeatures.totalCount 会忽略各自的筛选参数。 browseVariants(featureName: "BRAF") 和不带筛选条件的 browseVariants 都会报告 5029，即整个目录的数量。evidenceItems 和 assertions 的 totalCount 则会应用筛选。此工具包只报告这两者中有意义的数量。
• BrowseFeature 类型上的 description 会导致整个查询返回 500。 它虽在 schema 中，但无法调用。基因摘要位于 Gene 类型上，因此 civic_search_genes 会再发起一次调用。
• genes 接受 entrezSymbols/entrezIds，而非 name。 自由文本基因搜索使用 browseFeatures(featureName:)（子串匹配、不排序——此工具包会将完全匹配的结果重新排在前面），或 featureTypeahead(queryTerm:)。
• 证据和断言的 status 可以是 SUBMITTED，也可以是 ACCEPTED；已提交的条目尚未经过 CIViC 审核。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "civic": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/civic/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/civic/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自己的工具，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明确切范围，是当天情况的权威答案。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让限定范围的连接也能回答此工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 路由到整个目录——而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文比路由带来的价值还多，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的所有工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/civic_search_genes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"BRAF","limit":5}'

首次调用无需账号。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/civic_search_genes。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账号）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账号，也无需往返网关：

{
  "mcpServers": {
    "civic": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-civic"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-civic

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并针对仅此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接提供的任何共享元工具。源代码相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用普通英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Civic data" })

网关会选择合适的工具并自动填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT