Complex Portal

mcp-complex-portal

EBI Complex Portal MCP。

Pipeworx 的一部分——一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未经其认可，也未由其发布。

工具

工具	描述
search_complexes	搜索 EBI Complex Portal——一个经人工整理的稳定大分子蛋白质复合物数据库——可按蛋白质/复合物名称、基因、GO 术语或生物过程（例如「凋亡」、「SCF」、「核糖体」）搜索。返回匹配复合物的登录号（例如 CPX-7762）、名称、描述和生物体。无需密钥。可与 UniProt/IntAct/STRING 互为补充。
get_complex	根据登录号（例如 CPX-7762）获取单条 Complex Portal 记录。返回复合物的参与成分（亚基）、UniProt 标识符、生物学作用和化学计量，以及系统名称、功能、物种和描述。无需密钥。可与 UniProt/IntAct/STRING 互为补充。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "complex-portal": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/complex-portal/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/complex-portal/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关级工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了该工具包自身的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威说明。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让限定范围的连接能够回答此工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 路由到整个目录——而无需你添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义带来的上下文开销超过了路由功能的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会访问同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别是哪个工具包的工具会被直接列出；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_complexes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"ribosome"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_complexes。查找工具：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需通过网关往返调用：

{
  "mcpServers": {
    "complex-portal": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-complex-portal"]
    }
  }
}

或者直接运行以确认其能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-complex-portal

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并且仅针对该工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上文网关连接提供的共享元工具。相同的源代码、相同的工具，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗的语言提问，而不是直接调用工具——这既适用于上文的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Complex Portal data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT