Crystallography

mcp-crystallography

Crystallography Open Database（COD）MCP。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1875+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

工具	描述
search_structures	搜索 Crystallography Open Database（COD），这是一个开放的晶体结构数据库，涵盖无机、有机、金属有机化合物和矿物。可按化合物名称（自由文本）、化学式或矿物名称搜索；返回匹配的晶体结构及其晶胞参数、空间群、年份和 CIF 结构文件链接。无需密钥。请至少提供 query、formula 或 mineral 中的一项。系统会将化学式规范化为 COD 存储的 Hill 表示法，因此 "NaCl"、"SiO2" 和 "CaCO3" 均可使用；响应中的 formula_searched 会显示实际匹配的确切字符串。
get_structure	根据 COD 数字 ID（例如 "1009000"）查询 Crystallography Open Database（COD）中的单个晶体结构。返回化合物／矿物名称、化学式、空间群、完整晶胞参数（a、b、c、alpha、beta、gamma、体积）、文献信息（标题、作者、期刊、年份、DOI）以及 CIF 结构文件链接。无需密钥。
get_cif	根据 COD 数字 ID 获取 COD 结构的完整 CIF（Crystallographic Information File）——即实际的机器可读结构：对称操作和原子位点（元素、分数坐标 x/y/z、占位率）。当你需要实际原子结构而不只是元数据／链接时，请在使用 search_structures/get_structure 后调用。返回 CIF 文本及解析后的摘要（化学式、空间群、晶胞、原子数）。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "crystallography": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/crystallography/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/crystallography/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关级的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表中的数量：目前，单个工具包端点会在该工具包自有工具之外，列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当日情况的权威说明。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可以让限定范围的连接回答此工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由——无需再添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的 schema 占用的上下文超过路由带来的价值，请直接连接完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和相同的 1875+ 个数据源。唯一的区别在于直接列出哪个工具包的工具；通过任一端点的 ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_structures \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"quartz"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_structures。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "crystallography": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-crystallography"]
    }
  }
}

或者直接运行以确认服务可以启动：

npx -y @pipeworx/mcp-crystallography

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并为仅此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接所添加的任何共享元工具。相同的源代码、相同的工具，但不提供 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

无需直接调用工具，你可以用通俗的英语提问—— 这在上方的 pack 端点和完整网关上都适用：

ask_pipeworx({ question: "your question about Crystallography data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT