Emdb

mcp-emdb

EMDB（EBI 电子显微镜数据库）MCP — 无需密钥。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1878+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联，未获其认可，也未由其发布。

工具

工具	描述
search_maps	在 EBI 电子显微镜数据库（EMDB）中按自由文本关键词（例如“ribosome”“spike protein”“apoptosis”）搜索 3D 冷冻电镜 / 电子断层成像密度图。返回匹配的图谱及 EMDB ID、标题、分辨率（埃）和结构测定方法。无需密钥。可补充 PDB/AlphaFold（其中包含原子结构 / 实验结构）。
get_map	按 EMDB ID（例如“EMD-1080”）获取单个 EMDB 条目。返回精简记录：标题、样本、结构测定方法、分辨率（埃）和发布日期。EMDB 收录蛋白质、复合物和病毒的 3D 电子显微镜密度图。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "emdb": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/emdb/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

tools/list 在 https://gateway.pipeworx.io/emdb/mcp 上会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表所列：目前，单个工具包端点除了该工具包自己的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让范围受限的连接也能通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由，从而回答此工具包无法覆盖的问题，而无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义消耗的上下文比路由带来的收益更多，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1878+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_maps \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"ribosome"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_maps。查找工具包：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需通过网关往返调用：

{
  "mcpServers": {
    "emdb": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-emdb"]
    }
  }
}

或者直接运行，以确认它能正常启动：

npx -y @pipeworx/mcp-emdb

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，仅提供此工具包的工具 — 不包含上述网关连接额外提供的共享元工具。来源相同，工具相同，不提供 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用普通英语提问，而不是直接调用工具 — 此方式既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Emdb data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT