Ena

@pipeworx/ena

欧洲核苷酸档案（EMBL-EBI）——公开的原始测序运行、组装和已注释序列记录，可按生物体、研究、平台、采集国家或日期搜索，并为每个运行提供 FASTQ/BAM 下载 URL 和校验和。

属于 Pipeworx——一个将 AI agents 连接到 1879+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是独立的非官方集成，与上游提供方没有关联，未获其认可，也非其发布。

工具

• ena_search(result?, query?, fields?, sortFields?, limit?) — 使用 ENA 自有的查询语法搜索任意 ENA 结果类型（tax_eq(2697049)、tax_tree(9606) AND library_strategy="WGS"、country="Kenya"）。回答“这个生物体／疾病／地点有哪些公开测序数据”。
• ena_filereport(accession, result?, fields?, limit?) — 获取研究、运行、样本或实验登录号对应的所有数据文件，包括直接下载 URL、字节大小和 MD5。回答“从哪里获取测序读段”。
• ena_results_types(result?) — 用于发现架构的步骤：列出每种可搜索结果类型及其实时记录数；指定一种类型时，还会列出它接受的所有字段。请在编写查询前调用。

身份验证

无需密钥，也无需注册。

数据源

• https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/search — 按结果类型进行类型化搜索。
• https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport — 按登录号列出文件。
• https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/results — 结果类型及其实时计数。
• https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/returnFields — 每种结果类型对应的字段。

重新摸索这些问题很费时间（测量日期：2026-09-17）

• format=json 不是默认格式。 不指定时会返回 TSV，下游会将其读取为单个格式错误的字符串，而不是报错。
• limit=0 表示不设上限，与通常的约定相反。对于 read_run，这意味着数千万行。此工具包不会发送 0。
• 数值列在线路传输中是字符串（"read_count":"4547927"）。
• 搜索时不指定 fields 只会返回登录号列——看起来有效，实际上毫无用处。此工具包会为每种结果类型发送一组默认字段。
• filereport 遇到不匹配的登录号时会返回 HTTP 200，并在 {"message": ...} 响应正文中列出可接受的正则表达式。我们会抛出该消息；若返回空列表，则会被误解为“此研究没有任何运行”。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "ena": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ena/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/ena/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享的元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关级工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表中的数量：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自身的工具，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围；对于任意一天的情况，以该响应为准。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可让限定范围的连接通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由，从而回答此工具包未涵盖的问题，而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构信息占用的上下文超出了路由功能带来的价值，不如直接连接完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，以直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1879+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ena_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"result":"read_run","query":"tax_eq(2697049)","limit":3}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ena_search。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行，无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "ena": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ena"]
    }
  }
}

或者直接运行，确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-ena

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，仅提供此软件包的工具，不包含上方网关连接额外提供的共享元工具。相同的源代码，相同的工具，无需 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上方的软件包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Ena data" })

网关会选择合适的工具，并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT