Ensembl

@pipeworx/ensembl

Ensembl REST API MCP — 脊椎动物基因组、基因注释、序列、比较基因组学、变异。无需密钥。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1879+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方没有关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

• lookup(id, expand?) — 按稳定 ID 查询（基因／转录本／外显子／翻译产物）
• lookup_symbol(species, symbol) — 按物种内的基因符号查询基因
• xrefs(species, symbol) — 基因符号的外部交叉引用
• sequence(id, type?) — DNA／cDNA／CDS／蛋白质序列
• homology(species, symbol_or_id, target_species?) — 同源映射
• variation(species, variant_id) — 按名称查询变异（例如 "rs56116432"）
• vep(species, region, allele) — 变异效应预测器（region："9:22125504-22125504:1"）
• xref_symbol(species, symbol) — 按符号查询（/xrefs/symbol 的别名）

数据源

https://rest.ensembl.org

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "ensembl": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ensembl/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/ensembl/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall 和网关全局工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了工具包自身的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，并且是当天情况的权威信息。

这是有意为之，并非意外进行了多路复用。元工具使限域连接能够回答此工具包无法处理的问题 — 通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由 — 而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构所耗费的上下文超过了路由带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者，连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1879+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ensembl_lookup \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"id":"ENSG00000157764"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ensembl_lookup。查找工具：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "ensembl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ensembl"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认它能启动：

npx -y @pipeworx/mcp-ensembl

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize／tools/list／tools/call，仅提供此工具包的工具 — 不包含上文网关连接额外提供的共享元工具。数据源相同、工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

与 ask_pipeworx 搭配使用

你也可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具 — 此功能既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Ensembl data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT