Expression Atlas

mcp-expression-atlas

EBI Expression Atlas MCP。

Pipeworx 的一部分 — 一个将 AI Agent 连接到 1879+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

工具	描述
search_experiments	搜索 EBI Expression Atlas — 跨物种、组织和条件的约 4,500 个经过整理的基因／蛋白质表达实验（基线和差异）。可按关键词（匹配描述／实验因素）、物种（例如 "Homo sapiens"、"Mus musculus"）和／或类型（"Baseline" 或 "Differential"）筛选。返回登录号、描述、物种、类型、检测数量和因素。无需密钥。可与 UniProt／Ensembl 互补。
get_experiment	按登录号获取单个 EBI Expression Atlas 实验的元数据（例如 "E-MTAB-4045"）。返回登录号、描述、物种、类型、检测数量和实验因素。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "expression-atlas": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/expression-atlas/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/expression-atlas/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表中的数量：目前，单个工具包端点除了该工具包自身的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是特定日期最权威的依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可以让限定范围的连接回答此工具包未涵盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由 — 无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义带来的上下文成本高于路由的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不仅是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和相同的 1879+ 个数据源。唯一的区别是会直接列出哪个工具包的工具；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_experiments \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"liver","species":"Homo sapiens","type":"Baseline","limit":25}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_experiments。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "expression-atlas": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-expression-atlas"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认服务能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-expression-atlas

它通过 stdin/stdout 进行 MCP 通信，并针对仅此工具包的工具响应 initialize／tools/list／tools/call — 不包含上方网关连接所增加的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，不提供 ask_pipeworx 路由。

与 ask_pipeworx 搭配使用

你也可以用通俗的英语提问，而不直接调用工具 — 这既适用于上方的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Expression Atlas data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT