Gdc

mcp-gdc

NCI Genomic Data Commons (GDC) MCP。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1879+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联，未获其认可，也非由其发布。

工具

工具	描述
list_projects	列出 NCI Genomic Data Commons 癌症基因组学项目（TCGA、TARGET、CPTAC 等），并按病例数排序。返回 project_id、名称、计划、主要部位和疾病类型。无需密钥，可公开访问的元数据。
get_project	根据 project_id（例如 "TCGA-BRCA"）查询单个 NCI GDC 项目，并获取其详情及摘要计数（case_count、file_count）。无需密钥，可公开访问的元数据。
search_cases	根据主要部位和/或项目搜索 NCI GDC 癌症病例（患者/样本）。返回 case_id、submitter_id、主要部位、疾病类型和 project_id。无需密钥，可公开访问的元数据。
search_files	根据项目和/或数据类别（例如 "Transcriptome Profiling"、"Simple Nucleotide Variation"、"DNA Methylation"）搜索 NCI GDC 基因组数据文件。返回 file_id、file_name、数据类别/类型/格式、访问级别和文件大小。无需密钥，可公开访问的元数据。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "gdc": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/gdc/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/gdc/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关全局工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表所列：目前，单个工具包端点除了该工具包自身的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明确切范围，是当天情况的权威答案。

这是有意为之，并非意外复用。元工具让受限连接能够通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由，从而回答此工具包未涵盖的问题，无需额外添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些元工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构定义消耗的上下文超过了路由功能带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接获取所有工具包列出的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1879+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gdc_list_projects \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"size":20}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gdc_list_projects。查找工具：使用 {"query":"..."} 发送 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "gdc": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-gdc"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认服务是否启动：

npx -y @pipeworx/mcp-gdc

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并对 initialize/tools/list/tools/call 作出响应，仅提供此工具包的工具 — 不包含上述网关连接所添加的共享元工具。来源相同，工具相同，不含 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具 — 在上文的工具包端点和完整网关上都可以使用：

ask_pipeworx({ question: "your question about Gdc data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT