Gprofiler

@pipeworx/gprofiler

针对基因列表进行功能富集分析，数据源包括 GO、KEGG、Reactome、WikiPathways、TRANSFAC、miRTarBase、CORUM、HPA 和 HPO；还支持基因/蛋白标识符转换及跨物种直系同源映射。数据来自塔尔图大学的 g:Profiler。

属于 Pipeworx 的一部分——一个 MCP 网关，可将 AI Agent 连接到 1879+ 个实时数据源。这是独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

• gprofiler_enrich(organism, query[], sources?, user_threshold?, no_iea?, ordered?, domain_scope?, background?, significant?, limit?) — g:GOSt。返回每个富集条目及其已调整的 p 值（g:SCS）、条目大小、查询大小、重叠数、精确率和召回率。省略每个基因的 intersections 和本体的 parents：它们会显著增大载荷，但回答中不会用到。
• gprofiler_convert_ids(organism, query[], target?, numeric_namespace?) — g:Convert。在基因/蛋白/转录本/探针命名空间之间进行映射，并报告 hitsForInput，因此会将含义不明确的符号标记为有歧义，而不是悄悄解析为某个基因。
• gprofiler_orthologs(organism, target, query[]) — 基于 Ensembl Compara 的 g:Orth。人类 TP53 → 小鼠 Trp53；会标记一对多映射，而不会将其合并。

身份验证

无需密钥。g:Profiler 要求以编程方式调用的客户端标明身份；该工具包会发送 pipeworx-mcp-gprofiler User-Agent。

数据源

• POST https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/api/gost/profile/ — 富集分析。
• POST https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/api/convert/convert/ — ID 转换。
• POST https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/api/orth/orth/ — 直系同源映射。
• 文档：https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/page/apis

注意事项

物种代码必须使用 g:Profiler 自有的格式，其他格式均无效。 取属名首字母加完整种名，全部小写：hsapiens、mmusculus、rnorvegicus、drerio、dmelanogaster、celegans、scerevisiae、athaliana。"human" 和 "9606" 都会被拒绝。这是最常见的初次错误，而且会明确报错——这反而是好事。

如果将单个基因作为裸字符串传入，上游会将其拆分成字符。 该工具包会先按空格、逗号或分号拆分字符串，再发送，因此 "TP53" 会变成 ["TP53"]，而不是返回四个查找失败但 HTTP 状态码为 200 的结果。

富集结果为空时，含义不明确，工具包会对此作出提示。 对于较小或功能无关的列表，没有显著条目可能是合理结果；但错误的物种代码或无法识别的标识符也会产生完全相同的结果。note 字段会提示调用方使用 gprofiler_convert_ids 来区分这两种情况。

pValue 已经过多重检验校正（默认使用 g:SCS）。请勿再次校正。

转换结果中的 n_incoming > 1 表示多个记录匹配了输入项，而非输出值有多个。该信息会显示在 hitsForInput 中，并汇总到 ambiguousInputs。

针对所有数据源对大型列表进行富集分析确实很慢（以秒计，而非毫秒）。如果已知所需的注释集，请传入 sources。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "gprofiler": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/gprofiler/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/gprofiler/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点会列出大约 30 个共享工具，以及该工具包自身的工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让限定范围的连接也能回答此工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由——无需再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义所占用的上下文超过了路由带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不仅仅是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和同样的 1879+ 个数据源。唯一的区别在于直接列出的是哪个工具包的工具；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gprofiler_enrich \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"organism":"hsapiens","query":["TP53","BRCA1","BRCA2","ATM","CHEK2","PALB2"],"sources":["REAC"],"limit":5}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gprofiler_enrich。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需往返网关：

{
  "mcpServers": {
    "gprofiler": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-gprofiler"]
    }
  }
}

或者直接运行，以确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-gprofiler

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并仅针对该工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接所添加的任何共享元工具。源代码相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具——在上面的工具包端点和完整网关上都可以使用：

ask_pipeworx({ question: "your question about Gprofiler data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT