Gtex

@pipeworx/gtex

GTEx Portal MCP — 基因型-组织表达数据库：人类基因在约 54 种组织中的表达。无需密钥。

隶属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1879+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也不是由其发布。

工具

• gene(gencode_id_or_symbol) — 基因元数据
• median_expression(gene) — 基因在各组织中的表达中位数
• top_expressed_genes(tissue, filter_mt_gene?, num?, datasetId?) — 各组织中表达量最高的基因
• single_tissue_eqtls(gencode_id, tissue?) — 显著的单组织 eQTL
• tissues() — 组织列表

数据源

https://gtexportal.org/api/v2/

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "gtex": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/gtex/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/gtex/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具， 以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了自身工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是了解当天实际情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外复用。元工具可让仅连接此工具包的客户端回答此工具包未涵盖的问题——通过跨整个目录路由的 ask_pipeworx 实现——无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不带这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义带来的上下文成本高于路由的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1879+ 个数据源。唯一的区别是，哪个工具包的工具会被直接列出；通过任一端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gtex_gene \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"gencode_id_or_symbol":"BRCA1"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gtex_gene。查找工具：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "gtex": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-gtex"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-gtex

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，仅提供此工具包的工具——不包含上述网关连接额外提供的共享元工具。数据源相同、工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具——此方式既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Gtex data" })

网关会选择合适的工具并自动填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT