Gwas Catalog

mcp-gwas-catalog

GWAS Catalog（EBI/NHGRI）MCP — 汇集全基因组关联研究的精选目录。查询 SNP（rsID）及其映射基因，获取 SNP 的性状关联、p 值和效应量，或查找某种疾病/性状相关的研究。无需密钥的 REST API。

这是 Pipeworx 的一部分 — 一个连接 AI Agent 与 1881+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也不是由其发布。

工具

工具	描述
get_snp	GWAS Catalog：通过 rsID 查询单核苷酸多态性（SNP）。返回功能类别、染色体/区域位置和映射基因（含上游/下游方向及距离）。无需密钥，数据来自 EBI/NHGRI。
snp_associations	GWAS Catalog：获取某个 SNP（rsID）与性状/疾病的关联信息 — 风险等位基因、p 值、每个拷贝的优势比、β 值/效应量和风险等位基因频率。无需密钥，数据来自 EBI/NHGRI。
studies_by_trait	GWAS Catalog：查找某种疾病/性状的全基因组关联研究（EFO 性状，例如 "asthma" 或 "type 2 diabetes"）。返回登录号、PubMed ID、标题、期刊、日期和样本量。无需密钥，数据来自 EBI/NHGRI。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "gwas-catalog": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/gwas-catalog/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

tools/list 在 https://gateway.pipeworx.io/gwas-catalog/mcp 返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：单个工具包端点目前会列出约 30 个共享工具，以及该工具包自身的工具。连接的 initialize 响应会说明确切范围，是当天情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可让此连接回答本工具包未涵盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 路由到整个目录 — 而无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文多于路由带来的收益，与其连接多个工具包端点，不如只连接一次完整网关。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是当前工具包中的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

这两个 URL 都会访问同一个网关和相同的 1881+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪一个，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/get_snp \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"rsid":"rs7329174"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/get_snp。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需往返网关：

{
  "mcpServers": {
    "gwas-catalog": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-gwas-catalog"]
    }
  }
}

或者直接运行以确认它可以启动：

npx -y @pipeworx/mcp-gwas-catalog

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并仅对此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call — 不包含上文网关连接额外提供的任何共享元工具。数据来源相同，工具相同，但不支持 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗英语提问，而不必直接调用工具 — 此功能既适用于上文的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Gwas Catalog data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT