Hpo Api

@pipeworx/hpo-api

人类表型本体（HPO） MCP — 临床表型术语 + 基因/疾病注释。无需密钥。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1881+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

• term(id) — 按 HP id 查询 HPO 术语（例如 HP:0001250）
• search(query, limit?, page?) — 搜索 HPO 术语
• term_children(id) — 查询某个术语的直接子项
• term_parents(id) — 查询某个术语的直接父项
• term_descendants(id) — 查询完整的后代子树（分页）
• gene_diseases(id) — 查询与基因 id（NCBIGene）相关的疾病
• disease_phenotypes(id) — 查询标注到某种疾病的 HPO 术语（OMIM/ORPHA/MONDO id）

数据源

https://ontology.jax.org/api/hp/（较新的 HPO REST），并回退到 https://hpo.jax.org/api/hpo/。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "hpo-api": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/hpo-api/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/hpo-api/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点会列出大约 30 个共享工具，以及该工具包自身的工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当日情况的权威答案。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可以让仅限于某个范围的连接回答此工具包未涵盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由 — 无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些元工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文多于路由功能带来的价值，请改为连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都指向同一网关和相同的 1881+ 个数据源。唯一的区别是直接列出的工具属于哪个工具包；无论连接哪一个，ask_pipeworx 都能访问所有工具包。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/term \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"id":"HP:0000118"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/term。查找工具：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "hpo-api": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-hpo-api"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认服务能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-hpo-api

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，但仅提供此工具包的工具 — 不包含上文网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源和工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由功能。

使用 ask_pipeworx

你可以用自然语言提问，而不必直接调用工具 — 此功能既适用于上文的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Hpo Api data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT