Interpro

mcp-interpro

InterPro MCP（EBI）——蛋白质家族／结构域／功能位点分类。

属于 Pipeworx —— 一个将 AI Agent 连接到 1881+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也非由其发布。

工具

工具	描述
search_entries	按关键词搜索 InterPro 中的蛋白质家族、结构域、重复序列和功能位点（在条目名称／登录号中进行文本搜索）。InterPro 是 EBI 的综合蛋白质特征分类系统（Pfam、PROSITE、SMART、CDD、PANTHER 等）。返回匹配条目的登录号（IPRxxxxxx）、名称、类型（family|domain|repeat|site|...），以及构成该特征的成员数据库。无需密钥。
get_entry	按登录号获取单个 InterPro 条目的完整详情（例如 "IPR000001"）。返回条目名称、类型、纯文本描述、成员特征／蛋白质计数，以及相关 GO 术语（分子功能／生物过程／细胞组分）。可在使用 search_entries 或 entries_for_protein 后调用，以了解某个家族／结构域的实际含义。无需密钥。
entries_for_protein	按 UniProt 登录号（例如 "P12345"）列出在指定 UniProt 蛋白质上发现的所有 InterPro 条目（家族、结构域、位点）。返回每个匹配的 InterPro 特征及其登录号、名称和类型。适用于蛋白质功能注释。可与 UniProt／AlphaFold 配合使用。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "interpro": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/interpro/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/interpro/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具， 以及 Pipeworx 的共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall 和网关全局工具集中的其他工具。 因此，你看到的工具数量会多于此表中的数量：单个工具包端点目前会列出约 30 个共享工具，以及该工具包自身的工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可以让范围受限的连接回答本工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由——而无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些工具的工具包端点；如果额外的架构定义消耗的上下文超过路由带来的价值，请只连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接获取所有工具包列出的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1881+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；通过任意一个端点，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_entries \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"kinase"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_entries。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关：

{
  "mcpServers": {
    "interpro": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-interpro"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-interpro

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 协议，并仅针对本工具包的工具响应 initialize／tools/list／tools/call——不包含上文网关连接所添加的任何共享元工具。来源相同、工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用简单的英语提问，而不是直接调用工具——此功能既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Interpro data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT