Kegg

mcp-kegg

KEGG REST MCP — 京都基因组百科全书。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1882+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也并非由其发布。

工具

工具	描述
find	按关键词搜索 KEGG。KEGG 是化合物、药物、疾病、代谢通路、基因和酶的权威生物信息学数据库。选择一个数据库（compound|drug|disease|pathway|genes|enzyme|glycan|module|ko），并传入类似 "glucose"、"aspirin" 或 "diabetes" 的查询。返回匹配的 KEGG ID 及描述。无需密钥。
get_entry	按 ID 获取完整的 KEGG 平面文件条目，并以解析后的字段和原始文本形式返回。ID 示例："C00031"（化合物）、"hsa00010"（通路）、"D00009"（药物）、"K00844"（KO/直系同源物）或 "ec:1.1.1.1"（酶）。解析后的字段包括 ENTRY、NAME、FORMULA、CLASS、PATHWAY、DESCRIPTION、交叉引用等。先使用 find 查找 ID。无需密钥。
list_database	列出 KEGG 数据库中的所有条目（ID + 描述）。适用于枚举 KEGG 通路（"pathway"）、药物（"drug"）或受支持的生物体（"organism"）等。结果最多为 100 条，并带有截断标记。无需密钥。

快速开始

添加到 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "kegg": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/kegg/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/kegg/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关全局工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了自身工具包的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，也是当天适用范围的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。借助 ask_pipeworx，这些元工具可以跨整个目录路由请求，让受限连接也能回答此工具包未涵盖的问题，而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文超过路由功能带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和同一批 1882+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪一个，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/find \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"database":"compound","query":"glucose"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/find。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需通过网关中转：

{
  "mcpServers": {
    "kegg": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-kegg"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认服务能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-kegg

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并通过 initialize/tools/list/tools/call 响应仅属于此工具包的工具——不包含上述网关连接所添加的任何共享元工具。相同的源代码和工具，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗英语提问，而不直接调用工具——此功能既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Kegg data" })

网关会自动选择合适的工具并填充参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT