Metabolights

mcp-metabolights

MetaboLights MCP — EBI 的代谢组学研究存储库。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1882+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关联、未获其认可，也并非由其发布。

工具

工具	描述
search_studies	按关键词搜索 EBI MetaboLights（代谢组学研究存储库，涵盖代谢物／小分子），关键词可以是疾病、代谢物、生物体或分析技术（例如“diabetes”“glucose NMR”“Homo sapiens LC-MS”）。返回匹配的研究编号（例如 MTBLS1）、名称和简短描述。
get_study	根据研究编号（例如“MTBLS1”）获取单个 MetaboLights 研究的元数据：标题、完整描述和所研究的生物体（物种 + 组织／部位）。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "metabolights": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/metabolights/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/metabolights/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 通用元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall 以及其余的网关通用工具。因此，你看到的工具数量会多于此表所列：当前，单个工具包端点除了列出工具包自身的工具外，还会列出约 30 个通用工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威说明。

这是有意为之，并非意外复用。当问题超出此工具包的范围时，元工具可通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由，帮助限定范围的连接回答问题，无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构信息占用的上下文超过了路由功能带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和相同的 1882+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪些工具包的工具；无论连接哪一个，ask_pipeworx 都能访问所有工具包。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/metabolights_search_studies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"type 2 diabetes urine NMR"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/metabolights_search_studies。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行，无需 Pipeworx 账户，也无需通过网关中转：

{
  "mcpServers": {
    "metabolights": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-metabolights"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认服务能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-metabolights

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize／tools/list／tools/call，但只提供此工具包的工具 — 不包含上文网关连接添加的任何通用元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你无需直接调用工具，也可以用通俗的英语提问 — 这既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Metabolights data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT