Mgnify

@pipeworx/mgnify

MGnify（EMBL-EBI）——公开的宏基因组学研究、研究所属的受控生物群系词汇表，以及 MGnify 物种级基因组目录中的约 57,000 个 MAG 和分离株基因组；每个基因组均附有完整度、污染度和 GTDB 分类信息。

属于 Pipeworx——一个将 AI Agent 连接到 1882+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无隶属关系、未经其认可，也非由其发布。

工具

• mgnify_search_studies(search?, biome_lineage?, limit?) — 按自由文本和/或生物群系搜索研究，每项研究均列出其 ENA 项目登录号。
• mgnify_study(accession) — 完整显示一个 MGYS 研究。
• mgnify_genomes(search?, catalogue_id?, taxon_lineage?, limit?) — 基因组目录，包含 CheckM 完整度/污染度、N50、GC、来源以及 ENA/NCBI 交叉引用。
• mgnify_biomes(lineage_prefix?, limit?) — 约 492 个谱系组成的生物群系词汇表。确切的谱系字符串无法猜出，请先在此查找。

身份验证

无需密钥。无需注册。

数据来源

• https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v2/studies/ — 研究集合。
• https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v2/genomes/ — 基因组目录。
• https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v2/biomes/ — 生物群系词汇表。

重新发现需要耗费时间的事项（测量于 2026-09-17）

• 此工具包有意针对 v2。 v1 仍在运行，也仍提供研究列表，但对于 v2 能完整提供的研究，GET /v1/studies/MGYS00010519 会返回 Not found。基于 v1 的工具包会错误地回答“该研究不存在”。
• 大多数查询筛选条件都会被静默忽略。 catalogue_id=、taxon_lineage=、biome_name= 和 lineage= 都会返回未经筛选的完整集合——数量相同、首行相同，也不会报错。只有 search= 能缩小结果范围（研究从 5,684 条缩至搜索“gut”时的 532 条；基因组从 56,782 条缩至搜索“Prevotella”时的 787 条）。此工具包会传递 search，并在客户端应用其余筛选条件，同时报告 rows_scanned 和 scan_exhausted，以便调用方区分“没有匹配项”和“我们停止了查找”。
• search= 对 /biomes 也不起作用。 无论请求内容是什么，都会返回完整的 492 行词汇表，因此 mgnify_biomes 会在此分页并筛选。
• 集合 URL 需要以斜杠结尾（/v2/studies/?…；不加斜杠会返回 301）。详情 URL 则不能以斜杠结尾（/v2/studies/MGYS00010519）。
• page_size 上限为 100，超出时会静默截断——请求 500 条会返回 100 条，不会提示请求已被缩减。

快速开始

添加到 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "mgnify": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mgnify/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/mgnify/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关级的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表所列数量：目前，单个工具包端点除了工具包自身的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，也是当天情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。这些元工具使限定范围的连接能够通过 ask_pipeworx 回答本工具包未涵盖的问题——它会在整个目录中路由——而无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的 schema 带来的上下文成本高于路由的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，以便直接列出每个工具包的所有工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1882+ 个数据源。唯一的区别在于直接列出的是哪个工具包的工具；无论使用哪个 URL，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/mgnify_search_studies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"search":"gut","limit":3}'

首次调用无需账号。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/mgnify_search_studies。查找工具：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账号）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行，无需 Pipeworx 账号，也无需经过网关：

{
  "mcpServers": {
    "mgnify": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-mgnify"]
    }
  }
}

也可以直接运行它，确认服务能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-mgnify

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，但仅提供此软件包的工具，不包含上方网关连接所添加的共享元工具。相同的源代码，相同的工具，无需通过 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具——此功能既适用于上方的软件包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Mgnify data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT