Monarch Initiative

@pipeworx/monarch-initiative

Monarch Initiative MCP — 生物医学知识图谱，连接跨物种的疾病、表型、基因和变异。无需密钥。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

• search(query, category?, limit?, offset?) — 全文节点搜索
• entity(id) — 根据 CURIE 查询单个节点（例如 MONDO:0007947）
• associations(entity_id, category?, predicate?, direction?, limit?) — 查询涉及某个实体的关联
• phenotype_to_gene(phenotype_id) — 某个表型的候选基因（HP:…）
• gene_to_disease(gene_id) — 与某个基因相关的疾病

数据源

https://api.monarchinitiative.org/v3/api/

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "monarch-initiative": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/monarch-initiative/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/monarch-initiative/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除该工具包自身的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，也是当天适用的权威答案。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具能让作用范围受限的连接回答此工具包无法处理的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由——而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构定义带来的上下文开销超过路由的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者，连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪个，ask_pipeworx 都能访问全部工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/monarch_initiative_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"cystic fibrosis","category":"biolink:Disease","limit":20}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/monarch_initiative_search。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "monarch-initiative": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-monarch-initiative"]
    }
  }
}

或者直接运行，确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-monarch-initiative

它通过 stdin/stdout 进行 MCP 通信，并且仅针对该工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接所添加的共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以不用直接调用工具，而是用自然语言提问——完整网关和上面的工具包端点都支持此功能：

ask_pipeworx({ question: "your question about Monarch Initiative data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT