Ncbi Eutils

@pipeworx/ncbi-eutils

NCBI E-utilities MCP — 联合搜索并获取所有 NCBI Entrez 数据库中的内容：PubMed、Gene、Nucleotide、Protein、Taxonomy、ClinVar、dbSNP、OMIM、BioProject、BioSample、SRA 等。无需密钥（每秒 3 次请求）。

本项目属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1745+ 个实时数据源的 MCP 网关。这是一个独立的非官方集成，与上游提供方无关，未获其认可，也非由其发布。

工具

• einfo(db?) — 数据库信息／字段列表
• esearch(db, term, retmax?, retstart?, sort?) — 搜索 → UID 列表
• esummary(db, ids, retstart?) — 按 UID 获取摘要记录
• efetch(db, ids, rettype?, retmode?) — 完整记录
• elink(dbfrom, dbto, ids, linkname?) — 跨数据库链接
• egquery(term) — 跨所有数据库进行全局查询
• geo_series(accession) — 按 GSE 登录号获取 GEO（基因表达综合数据库）系列：标题、物种、样本数量和 GSM ID、平台 ID 和名称、实验类型、发布日期、摘要、PubMed ID、BioProject、SRA 研究
• geo_search(query, organism?, type?, limit?) — 按关键词、物种和实验类型搜索 GEO 表达系列

数据源

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "ncbi-eutils": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ncbi-eutils/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/ncbi-eutils/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于上表：目前，单个工具包端点会列出大约 30 个共享工具，以及该工具包自己的工具。连接的 initialize 响应会说明确切范围，是当天适用的权威信息。

这是有意为之，并非意外多路复用。元工具可以让限定范围的连接回答此工具包未涵盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由 — 无需添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构信息所占用的上下文超过路由功能带来的价值，请只连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一网关和相同的 1745+ 个数据源。唯一的区别在于直接列出的是哪个工具包的工具；ask_pipeworx 可以从任一端点访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/einfo \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"db":"pubmed"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/einfo。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需通过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "ncbi-eutils": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ncbi-eutils"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认服务已启动：

npx -y @pipeworx/mcp-ncbi-eutils

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 协议，并仅针对本工具包的工具响应 initialize／tools/list／tools/call — 不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由功能。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具 — 此功能既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Ncbi Eutils data" })

网关会选择合适的工具并自动填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT