Opentreeoflife

mcp-opentreeoflife

Open Tree of Life MCP。

Pipeworx 的一部分 — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

工具	描述
match_names	将科学名称（拉丁双名）解析为 Open Tree of Life 分类单元 ID（ott_id）。ott_id 是 taxon_info 和 common_ancestor 所需的关键 ID — 从这里开始。返回每个名称的最佳匹配项，包括其 ott_id、接受名、等级，以及同义词/近似匹配标记。无需密钥。
taxon_info	根据 ott_id（来自 match_names）获取 Open Tree of Life 分类单元的完整详情 — 接受名、等级、唯一名称、同义词、来源分类体系，以及从该分类单元到生命之树根节点的完整祖先谱系。无需密钥。
common_ancestor	根据 ott_id（来自 match_names），在合成生命之树中查找 2-10 个分类单元的最近共同祖先（MRCA）。返回共同祖先分类单元（ott_id、名称、等级）。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "opentreeoflife": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/opentreeoflife/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/opentreeoflife/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 以及网关级的其余工具。因此，你看到的工具数量会多于此表所列：目前，单个工具包端点除了该工具包自身的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威说明。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让受限连接也能回答此工具包未覆盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 路由到整个目录 — 而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文超过了路由带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者，连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪些工具包的工具；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具包。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/match_names \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"names":["Quercus alba","Panthera leo"]}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/match_names。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "opentreeoflife": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-opentreeoflife"]
    }
  }
}

或者直接运行以确认服务已启动：

npx -y @pipeworx/mcp-opentreeoflife

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并对 initialize/tools/list/tools/call 作出响应，仅提供此工具包的工具 — 不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。来源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗的英文提问，而不是直接调用工具 — 此功能既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Opentreeoflife data" })

网关会选择合适的工具，并自动填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT