Pdbe

mcp-pdbe

PDBe（欧洲蛋白质数据库，EBI）MCP。

属于 Pipeworx — 连接 AI Agent 与 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

工具	描述
get_summary	PDBe（欧洲蛋白质数据库，EBI）：获取 PDB 条目摘要 — 标题、实验方法、发布日期、来源生物以及实体数量（多肽／配体／水等）。无需密钥。传入 4 字符的 PDB ID，例如 "1cbs"。
get_molecules	PDBe（EBI）：列出 PDB 结构中的分子／实体 — 蛋白质、核酸和配体；每项包含 entity_id、molecule_type、名称和链长。无需密钥。传入 4 字符的 PDB ID，例如 "1cbs"。
uniprot_mappings	PDBe（EBI）：将 PDB 结构映射到 UniProt 的 SIFTS 跨数据库映射 — 对于每个 UniProt 登录号，列出匹配的链和残基范围。EBI 独有的精选跨数据库映射。无需密钥。传入 4 字符的 PDB ID，例如 "1cbs"。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "pdbe": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pdbe/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/pdbe/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表所列：单个工具包端点目前会同时列出大约 30 个共享工具和该工具包自身的工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，这是当天情况的权威信息。

这是有意为之，并非意外复用。元工具可让受限范围的连接通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由，从而回答此工具包未涵盖的问题，而无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义所占用的上下文超出了路由功能带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不仅仅是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pdbe_get_summary \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"pdb_id":"1cbs"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pdbe_get_summary。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需通过网关中转：

{
  "mcpServers": {
    "pdbe": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pdbe"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认它能启动：

npx -y @pipeworx/mcp-pdbe

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并仅针对此工具包的工具响应 initialize／tools/list／tools/call — 不包含上述网关连接所添加的任何共享元工具。数据源和工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用简单的英语提问，而不是直接调用工具 — 这不仅适用于上述工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Pdbe data" })

网关会选择合适的工具并自动填写参数。

更多

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT