Pombase

mcp-pombase

PomBase MCP — 裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）模式生物数据库。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

工具	描述
get_gene	PomBase（裂殖酵母 / S. pombe 模式生物数据库）：通过 PomBase 系统 ID 查询基因，并返回其产物、蛋白质结构域（InterPro）、缺失后的存活情况、UniProt ID 和整理状态。无需密钥。注意：需要类似 "SPAC1002.01" 或 "SPBC2F12.13" 的系统 ID——此 API 无法解析 "cdc2" 等标准基因名称。可与 SGD（出芽酵母）互为补充。
get_reference	PomBase：通过 PubMed ID（例如 "PMID:11739790"）查询经整理的 S. pombe 出版物，并返回其标题、引文、作者、年份、摘要及其注释的基因数量。无需密钥。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "pombase": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pombase/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/pombase/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于本表：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自己的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，也是特定日期的权威信息。

这是有意为之，并非意外进行了多路复用。元工具可以让受限连接通过 ask_pipeworx（它会路由到整个目录）回答此工具包不涵盖的问题，无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文多于路由功能带来的价值，请直接连接完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的所有工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和同一批 1683+ 个数据源。唯一的区别是，哪些工具包的工具会被直接列出；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pombase_get_gene \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"id":"SPAC1002.01"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pombase_get_gene。查找工具：向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求，并传入 {"query":"..."}。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关：

{
  "mcpServers": {
    "pombase": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pombase"]
    }
  }
}

或者直接运行以确认它可以启动：

npx -y @pipeworx/mcp-pombase

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并响应 initialize/tools/list/tools/call，仅提供此工具包的工具——不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由功能。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗语言提问，而不是直接调用工具——此方式既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Pombase data" })

网关会选择合适的工具并自动填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT