Pride

mcp-pride

EBI PRIDE Archive MCP — 蛋白质组学（质谱）数据存储库。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

工具	描述
search_projects	在 EBI PRIDE Archive（最大的公共蛋白质组学／质谱数据集存储库）中按关键词（疾病、生物体、技术、蛋白质、仪器）搜索项目。返回匹配项目的登录号以及标题、生物体、疾病和仪器信息。无需密钥。
get_project	按登录号获取一个 PRIDE Archive 蛋白质组学项目的完整元数据（例如 "PXD000001"）：标题、描述、样本处理和数据处理方案、生物体、生物体部位、疾病、仪器、关键词和 DOI。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "pride": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pride/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/pride/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关级的其他工具。因此，你看到的工具数量会比此表更多：目前，单个工具包端点除了该工具包自身的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天最权威的信息。

这是有意如此，并非意外的多路复用。这些元工具可让限定范围的连接通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由，从而回答此工具包未涵盖的问题，而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义所占上下文比路由带来的收益更大，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的所有工具，而不仅是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一个网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别是哪个工具包的工具会被直接列出；无论连接哪个，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pride_search_projects \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"keyword":"breast cancer"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pride_search_projects。查找工具包：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需通过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "pride": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pride"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认其能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-pride

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并仅响应此工具包自身工具的 initialize/tools/list/tools/call — 不包含上述网关连接添加的任何共享元工具。相同的源代码，相同的工具，不提供 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具 — 此方式既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Pride data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT