Protein Atlas

mcp-protein-atlas

Human Protein Atlas（HPA）MCP — 无需密钥。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

工具	描述
search_genes	按基因符号或关键词在 Human Protein Atlas 中搜索人类基因／蛋白质。返回每个基因的 Ensembl 基因 ID（get_protein 和 top_tissues 需要此 ID）、别名和描述。无需密钥。
get_protein	根据 Ensembl 基因 ID（例如 "ENSG00000146648"）获取单个蛋白质的精简 Human Protein Atlas 资料：基因、描述、蛋白质类别、生物过程、分子功能、RNA 组织特异性／分布、亚细胞定位和疾病相关信息。使用 search_genes 查找 Ensembl ID。无需密钥。
top_tissues	根据一个 Ensembl 基因 ID，按 RNA 表达量（nTPM）从高到低列出该蛋白质表达量最高的人体组织。使用 search_genes 查找 Ensembl ID。无需密钥。

快速开始

将其添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "protein-atlas": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/protein-atlas/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/protein-atlas/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具 — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall，以及网关全局工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表中的数量：目前，单个工具包端点除了该工具包自己的工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，并且是当天适用范围的权威说明。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让限定范围的连接能够回答本工具包无法覆盖的问题 — 通过 ask_pipeworx 路由到整个目录 — 无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构信息占用的上下文比路由带来的价值更多，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

你也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的所有工具，而不仅仅是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/protein_atlas_search_genes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"EGFR"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/protein_atlas_search_genes。查找一个工具包：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行 — 无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关：

{
  "mcpServers": {
    "protein-atlas": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-protein-atlas"]
    }
  }
}

或者直接运行，以确认服务可以启动：

npx -y @pipeworx/mcp-protein-atlas

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并为仅此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call — 不包含上方网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以不用直接调用工具，而是用自然语言提问 — 在上方的工具包端点和完整网关上都可以这样使用：

ask_pipeworx({ question: "your question about Protein Atlas data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT