Pubchem

@pipeworx/pubchem

PubChem MCP — NIH 化学化合物数据库，无需身份验证。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

• search_by_name(name, max_results?) — 名称 → CID。
• get_compound(cid) — 分子式、MW、SMILES、InChI、属性。
• get_synonyms(cid, max_results?) — 所有已知名称。
• get_classification(cid) — 药理学分类树。

数据源

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug（PUG-REST + PUG-VIEW）。无需密钥。请合理控制每秒请求数（建议 5 次/秒）。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pubchem/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/pubchem/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其余工具。因此，你看到的工具数量会多于此表：目前，单个工具包端点除了自身工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天实际情况的权威说明。

这是有意为之，并非意外复用。元工具可以让受限连接回答此工具包无法覆盖的问题——通过 ask_pipeworx 在整个目录中路由——无需再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文比路由功能带来的价值还多，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪个端点，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pubchem_search_by_name \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"name":"ibuprofen"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pubchem_search_by_name。查找工具包：使用 {"query":"..."} 调用 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需往返网关：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pubchem"]
    }
  }
}

也可以直接运行，以确认其能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-pubchem

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并为仅此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，但不支持 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

无需直接调用工具，你也可以用通俗英语提问——此功能既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Pubchem data" })

网关会自动选择合适的工具并填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT