Pubmed

PubMed — 生物医学文献

美国国家医学图书馆的 PubMed。约 3700 万条生物医学和生命科学文献引文，最早可追溯至 1781 年。这是权威的生物医学文献数据库，所有临床医生、研究人员和基金评审人员都会使用。MeSH（医学主题词）标引让结构化搜索更强大。免费，无需认证。

它是 Pipeworx 的一部分——一个将 AI Agent 连接到 1745 多个实时数据源的 MCP 网关。这是独立的非官方集成，与上游提供方无关联，未获其认可，也非由其发布。

为什么这对 AI Agent 很重要

在生物医学研究、药物疗效问题、临床指南或系统性文献综述中，PubMed 是首选的权威来源。Semantic Scholar 的覆盖面更广，但筛选不如 PubMed 严格；PubMed 专注于生物医学，其 MeSH 结构支持精确查询。

常见工作流：

• 主题搜索。“关于 GLP-1 激动剂对心血管结局影响的近期论文”→ 使用 MeSH 词或关键词搜索。
• **特定论文。**查询 PMID → 获取完整记录（标题、摘要、作者、MeSH 标签）。
• 作者隶属机构 / 联系方式。get_summary 中的 authors[] 仍是普通姓名字符串（保持不变）；另有一个与 authors[] 按索引对应的 author_details[] 数组，包含 {name, affiliations[], emails[]}——affiliations 是 efetch XML 记录中 <AffiliationInfo><Affiliation> 文本的原样内容，emails 是在该文本中通过普通正则表达式找到的电子邮件地址（如果记录中没有，则为空数组；不会猜测或补充 NCBI 未索引的信息）。search_pubmed 仍只返回纯作者姓名字符串，不包含 author_details；如需隶属机构 / 联系方式详情，请对其 PMID 调用 get_summary。
• “最近 N 年”需要 from_year/to_year，精确术语需要加引号（fleet #2418）。search_pubmed 之前完全没有日期控制——对于“过去两年关于 X 的论文”这类问题，只能按相关性排序，无法筛选。传入 from_year/to_year（四位数年份；使用与 pubmed_evidence_landscape/pubmed_publication_trend 相同的 [pdat] 机制）即可限定范围。另外，未加引号的多词技术术语（基因、检测方法或生物标志物名称）会受到 PubMed 自动术语映射的影响，可能在不提示的情况下扩展为无关的 MeSH / 补充概念同义词——未加引号的 cell-free RNA 会通过“cell free nucleic acids”匹配到 ctDNA 论文。将精确术语放在双引号中（可选地加上 [tiab] 标签，例如 "cell-free RNA"[tiab]），即可搜索精确短语。实测结果：("cell-free RNA"[tiab]) AND 2024:2026[pdat] 返回 182 条相关结果，query_translation 显示没有同义词扩展；而未加引号的术语会匹配到 ctDNA /“cell free nucleic acids”。
• **作者档案。**搜索特定作者的论文（存在作者消歧难题）。
• **引文追踪。**与 Crossref 交叉参照 DOI 和引文网络。
• **证据概况。**使用 pubmed_evidence_landscape，针对一个查询统计临床试验、随机试验、系统性综述、荟萃分析、观察性研究和病例报告的数量。
• **发表趋势。**使用 pubmed_publication_trend 获取限定时间范围内准确的 PubMed 年度计数。
• **完整性检查。**在依赖某个 PMID 前，使用 pubmed_integrity_check 查找 NLM 索引的撤稿、关注声明、勘误、更新及相关通知。

认证

无需认证。NCBI E-utilities（PubMed 的 API）免费使用。没有 API 密钥时，每秒最多调用 3 次；使用免费的 NCBI API 密钥（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/）时，每秒最多调用 10 次。通过 _apiKey 传入。

MeSH 术语

PubMed 的秘密武器是 MeSH（医学主题词表）——由 NLM 图书馆员为每篇论文添加的受控词表。它支持精准查询：

• [mh] 精确 MeSH 主题词
• [majr] 主要主题词（论文主要探讨此主题）
• [ti] 标题
• [au] 作者

示例：glucagon-like peptide-1[mh] AND cardiovascular diseases[majr] AND 2023:2024[dp] 可查找 2023—2024 年重点研究 GLP-1 激动剂心血管结局的论文。

常见陷阱

• MeSH 索引滞后。 论文发表数周至数月后才会获得 MeSH 索引。近期论文可能尚未添加 MeSH 词——要查找最新文献，请改用关键词搜索。
• 作者消歧。 “J Smith” 会匹配数千篇论文。对于较新的论文，ORCID 可以解决此问题；旧文献的作者消歧则无法彻底解决。PubMed 的 “[full author]” 搜索有所帮助。
• 预印本与正式发表论文。 PubMed 只收录经同行评审的正式发表论文（大多数情况如此）。bioRxiv / medRxiv 上的预印本在正式发表前不会被 PubMed 收录。要查找前沿研究，可同时使用 Semantic Scholar。
• 掠夺性期刊。 NLM 收紧标准之前，一些开放获取的掠夺性期刊曾被收录进 PubMed。被 PubMed 收录并不代表质量有保障——请核查期刊声誉。
• 开放获取状态。 “Free PMC article” 链接指向 PubMed Central 上的全文。许多论文只有摘要——承诺“论文指出……”时，请留意这一点。
• 试验注册信息交叉引用。 临床试验另行注册于 ClinicalTrials.gov。同一项研究可能对应多条 PubMed 记录（方案、主要结果、次要分析）。摘要中的 NCT ID 有助于关联记录。
• 数量只是检索指引。 出版物类型可能重叠，当前年份的数据可能不完整，出版物数量不能证明证据质量、疗效、独立性或商业验证情况。
• 诚信标记的范围有限。 pubmed_integrity_check 会报告 NLM 编入索引的关联信息。引用未标记并不代表其已通过独立验证。

快速开始

将其添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pubmed/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/pubmed/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和网关级工具集中的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于表中的数量：单个工具包端点目前会列出大约 30 个共享工具，以及该工具包自身的工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是判断当日情况的权威依据。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具让受限连接也能回答本工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录路由——而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文超过路由带来的价值，请直接连接一次完整网关，而不要连接多个工具包端点。

或者，连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和同一组 1745+ 个数据源。唯一的区别在于直接列出的工具属于哪个工具包；从任一端点都可以通过 ask_pipeworx 访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_pubmed \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"\"cell-free RNA\"[tiab]","from_year":2024,"to_year":2026}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_pubmed。查找工具包：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行，无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pubmed"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认它能正常启动：

npx -y @pipeworx/mcp-pubmed

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并针对仅限此软件包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上方网关连接所添加的任何共享元工具。相同的源代码，相同的工具，无需 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上方的软件包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Pubmed data" })

网关会选择合适的工具并自动填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT