Rcsb Pdb

@pipeworx/rcsb-pdb

RCSB 蛋白质数据库 MCP——约 225 k 种经实验测定的大分子 3D 结构元数据。无需密钥。

属于 Pipeworx——一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

• search(query, return_type?, limit?) — 在 PDB 中进行文本搜索
• structure(pdb_id) — 完整条目记录（实验、配体、聚合物实体）
• polymer_entity(pdb_id, entity_id) — 单个聚合物实体（链）的元数据
• ligand(pdb_id, ligand_id) — 配体记录
• assembly(pdb_id, assembly_id?) — 生物学组装体
• summary(pdb_id) — 简短摘要视图

数据源

• 搜索：https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query
• 数据：https://data.rcsb.org/rest/v1/core/

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/rcsb-pdb/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/rcsb-pdb/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表所列：目前，单个工具包端点除了自身工具外，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天情况的权威说明。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具使限定范围的连接能够回答本工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由——而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不含这些工具的工具包端点；如果额外的架构定义所占用的上下文超过了路由带来的价值，请连接完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别是哪些工具包的工具会被直接列出；无论连接哪一个，ask_pipeworx 都可以访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/rcsb_pdb_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"CRISPR Cas9"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/rcsb_pdb_search。查找工具包：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-rcsb-pdb"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认它能正常启动：

npx -y @pipeworx/mcp-rcsb-pdb

它通过 stdin/stdout 使用 MCP，并仅针对本工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接额外提供的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，不包含 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以不用直接调用工具，而是用通俗英语提问——这既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Rcsb Pdb data" })

网关会选择合适的工具并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT