Reactome

@pipeworx/reactome

Reactome MCP — 开放的、经过同行评审的生物通路数据库。无需密钥。

Pipeworx 的一部分 — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

• search(query, types?) — 跨数据库搜索（通路、反应、蛋白质等）
• pathway(id) — 完整的通路记录
• participants(id) — 通路的实体参与者
• pathways_for_entity(entity_id) — 包含指定实体的通路
• orthologous_events(id, species) — 其他物种中的直系同源通路/反应

数据源

https://reactome.org/ContentService/

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "reactome": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/reactome/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/reactome/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于本表：目前，单个工具包端点会在该工具包自身工具之外列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当日情况的权威说明。

这是有意为之，并非意外复用。元工具可以让限定范围的连接回答此工具包未涵盖的问题——通过 ask_pipeworx 跨整个目录进行路由——而无需你再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义消耗的上下文超过路由带来的价值，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别在于直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪个，ask_pipeworx 都可以访问所有工具包。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/reactome_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"apoptosis"}'

首次调用无需账户。查看任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/reactome_search。查找工具：发送 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs，并附上 {"query":"..."}。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经由网关：

{
  "mcpServers": {
    "reactome": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-reactome"]
    }
  }
}

或者直接运行，以确认它能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-reactome

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 协议，并为仅此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接额外提供的共享元工具。数据源和工具相同，但不支持 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Reactome data" })

网关会自动选择合适的工具并填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT