Research Chain

@pipeworx/research-chain

一次调用即可获取一篇学术论文的所有公开信息：全文、许可证、数据集、代码和引用。提供 DOI、PMID 或 arXiv id 后，research_chain 会遍历 Crossref、OpenAlex、Unpaywall、DataCite、Zenodo、Hugging Face Papers、PubMed Central 和 Semantic Scholar 分别零散提供的信息关联关系，让调用方无需了解所有六七种工具，就能回答“有哪些数据集和代码与这篇论文相关？”或“找到这个 DOI 的开放版本及其许可证”。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

• research_chain({doi | pmid | arxiv_id, max_datasets?, max_citing?}) — 返回：
  • paper — 标题、期刊、出版商、作者、Crossref 声明的许可证（URL，以及各许可证适用的手稿版本）、OpenAlex 概念和引用次数。
  • open_copies[] — Unpaywall 收录的所有开放获取位置，每项都有自己的 host_type、version（publishedVersion | acceptedVersion | submittedVersion）和 license — 绝不会合并。is_oa: true 仅表示“某处存在可免费阅读的版本”，不代表拥有再利用权限。因此，只要 Unpaywall 未声明许可证，license 就为 null（不会猜测）。如果存在 PubMed Central 版本，也会作为单独条目添加，其 license 和 version 明确设为 null，因为 NCBI 的 ID Converter 确认该版本存在，但未声明其条款。
  • pmc_full_text — 来自 NCBI 的 ID Converter 的 {has_full_text, pmcid, pmid, url}。
  • datasets — 来自 DataCite 的 relatedIdentifiers 搜索的 {total, returned, results[]}（引用该论文 DOI 的数据集/软件）。即使 results 截断至 max_datasets，total 仍为上游的实际总数。
  • code — {zenodo[], paperswithcode}。Zenodo 通过 metadata.related_identifiers.identifier 搜索。上游搜索结果为空时，paperswithcode（Hugging Face Papers，即事实上的继任者）会返回 {found: false, results: []} — 空结果会标记为 not_found，绝不会被当作答案（过去，上游单独返回的 [] 会被误当成“没有相关代码”的真实答案）。
  • citing — 来自 Semantic Scholar 的 {count, top[], note}：count 是该论文的总引用次数，top 是最多 max_citing 篇引用该论文的论文，按其自身引用次数排序。如果两次 Semantic Scholar 调用中一次失败、另一次成功，note 会附带明确说明部分失败的消息（例如速率限制）— 绝不会静默丢弃。
  • retraction — 根据已获取的同一条 Crossref 记录生成，数据来自标题标记、update-to 撤稿通知和 is-retracted-by 关系 — 不会额外调用 API。retracted: false 表示“记录中没有撤稿信息”，并不能证明论文没有问题（信息覆盖范围取决于出版商）。
  • sources_used / sources_failed — 每个数据源都会独立并行获取；响应缓慢或不可用的上游会连同原因列入 sources_failed，其他数据源仍会正常返回。
  • as_of — 本次调用的 ISO 时间戳。

认证

无需密钥。此处的所有上游都是公开且无需认证的 API。Crossref、 OpenAlex 和 NCBI ID Converter 只要求提供联系邮箱，以便使用礼貌请求池；此包使用自己的邮箱（[email protected]）— 与 crossref、openalex 和 unpaywall 包采用相同的方式。

数据源

• https://api.crossref.org/works/{doi} — 标题、期刊、许可、撤稿标记。
• https://api.openalex.org/works/doi:{doi} — 概念、引用次数。
• https://api.unpaywall.org/v2/{doi} — 开放获取位置，每个位置都包含版本和许可。
• https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/tools/idconv/api/v1/articles/ — DOI/PMID ↔ PMCID 解析。NCBI 于 2026 年将此服务从 www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv 迁出——旧主机会通过 301 重定向到这里；此工具包直接访问新主机。
• https://api.datacite.org/dois — 引用该论文的数据集/软件（搜索 relatedIdentifiers.relatedIdentifier）。
• https://zenodo.org/api/records — 与该论文相关的记录。搜索字段是 metadata.related_identifiers.identifier，而不是单独的 related_identifiers.identifier——单独使用该字段会导致所有查询都静默匹配到零条记录（已实时验证：同一 DOI 分别得到 0 条和 19 条结果）。
• https://huggingface.co/api/papers/search — 代码/实现搜索（已关闭的 Papers with Code API 的后继服务）。
• https://api.semanticscholar.org/graph/v1/paper/DOI:{doi} 和 /citations — 引用次数 + 引用该论文的文献。无需密钥的请求池在两个端点之间累计限速约为每秒 1 个请求；此工具包会在同一链路中以约 1.1 秒的间隔依次调用它们，而不是同时发送请求。修复前，几乎每次调用都会导致其中一个端点返回 429。

OSF 原本计划作为第三个代码/材料来源，但后来已移除：其公开 API 没有可按 DOI 筛选的字段（/v2/preprints/?filter[doi]=... 会返回 HTTP 400“not a filterable field”，已实时验证）。目前由 Zenodo 和 Hugging Face Papers 覆盖代码/材料关联。

标识符解析

• doi — 直接使用（会移除 doi.org URL 或 doi: 前缀）。
• pmid — 通过 NCBI 的 ID Converter 解析为 DOI。
• arxiv_id — 解析为 arXiv 自动注册的 DataCite DOI（10.48550/arXiv.<id>），基本覆盖 2022 年以来的所有 arXiv 投稿。这是构造得到的标识符，而非经查证的查询结果——如果 2022 年以前的 arXiv ID 没有注册 DOI，下游链路会报告 not_found，而不是解析该标识符。

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "research-chain": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/research-chain/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/research-chain/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享的元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关级别的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于表格中的数量：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自己的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当天最权威的答案。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具能让受限连接回答本工具包未覆盖的问题——通过可跨整个目录路由请求的 ask_pipeworx——无需添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文比路由功能带来的价值更多，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

也可以连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出所有工具包的工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都会连接到同一网关和同样的 1683+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论使用哪个 URL，ask_pipeworx 都能访问所有工具包。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/research_chain \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"doi":"10.1038/s41586-020-2649-2"}'

首次调用无需账号。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/research_chain。查找工具：使用 {"query":"..."} 发送 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可作为本地 stdio MCP 服务运行，无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关往返：

{
  "mcpServers": {
    "research-chain": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-research-chain"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认它能正常启动：

npx -y @pipeworx/mcp-research-chain

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并针对仅限此软件包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上方网关连接所添加的任何共享元工具。相同的源代码，相同的工具，无需 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗的英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上方的软件包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Research Chain data" })

网关会选择合适的工具并自动填写参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT