String Db

@pipeworx/string-db

STRING MCP — 覆盖约 12 000 种生物的蛋白质-蛋白质相互作用网络。无需密钥的 REST 服务。

属于 Pipeworx — 一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

• resolve(identifiers, species?, limit?) — 将自由文本基因名称映射为 STRING 标识符
• interactions(identifiers, species?, required_score?, limit?, network_type?) — 相互作用伙伴
• network(identifiers, species?, required_score?, network_type?) — 网络图片 URL + 表格数据
• enrichment(identifiers, species?) — 基因集的功能富集分析
• homology(identifiers, species?) — 到其他生物的同源映射

species 是 NCBI 分类学 ID（默认为 9606，即人类）。

数据源

https://string-db.org/api/json/

快速开始

添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/string-db/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/string-db/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 共享元工具——ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall 和网关范围内的其他工具。因此，你看到的工具数量会多于此表中的数量：目前，单个工具包端点除了该工具包自身的工具外，还会列出大约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，是当日准确信息的权威来源。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具可以让受限连接回答本工具包未涵盖的问题——通过跨整个目录路由的 ask_pipeworx 实现——而无需添加第二个 MCP 服务。目前无法在不包含这些工具的情况下挂载工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文多于路由功能带来的收益，请只连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者，连接完整的 Pipeworx 网关，直接获取每个工具包列出的所有工具，而不只是此工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和同一批 1683+ 个数据源。唯一的区别是直接列出的工具属于哪个工具包；通过任一端点，ask_pipeworx 都能访问所有工具。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/string_db_resolve \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"identifiers":["TP53","BRCA1","MYC"]}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/string_db_resolve。查找工具：使用 {"query":"..."} 向 POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关：

{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-string-db"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认它能启动：

npx -y @pipeworx/mcp-string-db

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并为仅此工具包的工具响应 initialize/tools/list/tools/call——不包含上述网关连接所添加的任何共享元工具。数据源相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由功能。

使用 ask_pipeworx

你也可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具——此方式既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about String Db data" })

网关会自动选择合适的工具并填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT