Symmap

@pipeworx/symmap

SymMap v2（symmap.org，北京中医药大学）——中医药关联图谱：包含 698 种草药、约 2.6 万种成分、约 2.1 万个蛋白质靶点、中医症状、中医证候、现代医学症状和约 1.4 万种疾病，通过整理和预测得到的关联相互连接。每个关系负载都带有明确的 evidence_tier（traditional_use | human_clinical | laboratory | computational_prediction）和一条 evidence_basis 说明，因为 SymMap 记录的是关联，而非疗效——其中没有任何内容能作为草药治疗任何疾病的临床证据。

属于 Pipeworx——一个将 AI Agent 连接到 1683+ 个实时数据源的 MCP 网关。

工具

• symmap_search(query, entity) — 在七类实体中，将名称（中文、拼音、拉丁文、英文、基因符号、疾病名称）解析为 SymMap ID。
• symmap_herb(herb) — 完整的双语草药记录：中医属性、归经、药物类别、药用部位和所有名称形式。
• symmap_herb_ingredients(herb) — 草药中鉴定出的分子，包含 PubChem CID、CAS 和口服生物利用度评分。
• symmap_herb_symptoms(herb) — 草药的传统适应证：中医症状（SMTS）和中医证候（SMSY），与现代词汇分开列出。
• symmap_symptom_herbs(symptom, system) — 针对某种症状的草药；system:"tcm"进行直接查询，system:"modern"则通过 SymMap 整理的现代→中医症状对照表查询，并明确列出两个跳转步骤。
• symmap_ingredient(ingredient) — 成分的蛋白质靶点（带有 PubMed 引用的关联边等级为 laboratory，未引用的等级为 computational_prediction）及其所属草药。
• symmap_target_diseases(target) — 与基因相关的疾病；由 OMIM/Orphanet 提供依据的关联边等级为 human_clinical，其余为 computational_prediction。

身份验证

无需密钥。

数据源

• http://www.symmap.org/related_components/ — 表单 POST JSON：某个实体的关联边（rrid、table_name、filter）。
• http://www.symmap.org/search/ — 表单 POST JSON：按名称搜索实体（table_name、key）。
• src/herbs.ts — 草药实体表，由 scripts/bake-herbs.py 根据 SymMap 下载页上的 SMHB 文件生成，因此草药查询不依赖上游服务。

接手后才会费力发现的事项：

• 该网站仅支持纯 HTTP——https://www.symmap.org无法响应。
• **可下载的“key files”并非关系边。**它们是相同实体表的长格式（id、Field_name、Field_context）转储。实际图谱边仅通过 /related_components/ 提供。
• 由于后端设计，某些关联方向会返回 502：herb→Gene、herb→Disease、herb→MM_symptom 和 MM_symptom→Herb 每次都会返回 502；而 herb→Mol、herb→TCM_symptom、herb→Syndrome、Mol→Gene、Mol→Herb、TCM_symptom↔MM_symptom、TCM_symptom→Herb、Syndrome→Herb、Gene→Disease 和 Disease→Gene 均可稳定响应。工具只组合可靠的方向；查询草药的靶点时，会逐跳沿 herb→ingredients→targets 查询。
• rrid同时接受 SMHB1 和 SMHB00001 两种格式。
• 在 v2.0 中，SMTS表示中医症状，SMSY表示中医证候（v2 新增），SMMS表示现代医学症状。v1 下载文件对 SMTS 的用法不同；请勿混用版本。
• 成分→靶点的文献证据以 HTML 片段形式提供，其中同一句话出现两次（简短版 + 完整版），另有一个 Fold 按钮；此包会提取完整版本和 PMID。

许可 / 致谢

SymMap 是一个免费访问的学术数据库；其网站声明下载文件可免费下载，且没有其他使用条款。发表结果时请引用论文：Wu 等人，《SymMap：通过症状映射增强的中医药整合数据库》，Nucleic Acids Research，2019，doi:10.1093/nar/gky1021。

快速开始

将其添加到你的 MCP 客户端（Claude Desktop、Cursor、Windsurf 等）：

{
  "mcpServers": {
    "symmap": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/symmap/mcp"
    }
  }
}

此端点实际提供的内容

https://gateway.pipeworx.io/symmap/mcp 上的 tools/list 会返回上表中的工具，以及 Pipeworx 的共享元工具——ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember/recall 和其他网关级工具。因此，你看到的工具数量会多于表格中的数量：目前，单个工具包端点除了列出该工具包自己的工具，还会列出约 30 个共享工具。连接的 initialize 响应会说明其确切范围，也是当天情况的权威答案。

这是有意为之，并非意外的多路复用。元工具能让限定范围的连接回答该工具包未覆盖的问题——通过 ask_pipeworx 路由到整个目录——无需再添加第二个 MCP 服务。目前无法挂载不包含这些元工具的工具包端点；如果额外的架构定义占用的上下文比路由带来的价值更大，请连接一次完整网关，而不是连接多个工具包端点。

或者连接完整的 Pipeworx 网关，直接列出每个工具包的所有工具，而不只是当前工具包的工具：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

两个 URL 都连接到同一个网关和相同的 1683+ 个数据源。唯一的区别是直接列出哪个工具包的工具；无论连接哪一个，ask_pipeworx 都能访问所有工具包。

没有 MCP 客户端？通过 HTTP 调用

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/symmap_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"insomnia","entity":"mm_symptom"}'

首次调用无需账户。检查任意工具：GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/symmap_search。查找工具包：使用 {"query":"..."} 向 https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs 发送 POST 请求。

独立运行（无需网关账户）

此软件包也可以作为本地 stdio MCP 服务运行——无需 Pipeworx 账户，也无需经过网关：

{
  "mcpServers": {
    "symmap": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-symmap"]
    }
  }
}

也可以直接运行，确认服务能够启动：

npx -y @pipeworx/mcp-symmap

它通过 stdin/stdout 使用 MCP 通信，并响应 initialize/tools/list/tools/call，但仅提供此工具包的工具——不包含上述网关连接额外提供的共享元工具。源代码相同，工具相同，但没有 ask_pipeworx 路由。

使用 ask_pipeworx

你可以用通俗英语提问，而不是直接调用工具——这既适用于上面的工具包端点，也适用于完整网关：

ask_pipeworx({ question: "your question about Symmap data" })

网关会选择合适的工具，并自动填入参数。

更多信息

• 文档和指南
• pipeworx.io

许可证

MIT